Con l'annuncio delle dimissioni di Salvo Sottile da Mediaset, 'Matrix' sembra confermarsi come il programma della discordia, che ha legato alla sua storia diverse tensioni e dimissioni, a partire da quelle clamorose del febbraio 2009 del suo ideatore Enrico Mentana.
Le dimissioni di Sottile sono state accompagnate, infatti, dai rumors insistenti su uno scontento del giornalista che - secondo fonti ben informate - avrebbe voluto condurre l'edizione 2013-2014 del programma di approfondimento di seconda serata di Canale 5 (che dovrebbe tornare nella prossima stagione dopo un anno di pausa) ma avrebbe visto arrivare invece dall'esterno di Mediaset un nuovo candidato a questa conduzione, ovvero Luca Telese. Da quanto 'Matrix' ha esordito, il 4 settembre 2005 (condotto e ideato da Mentana con la collaborazione di Davide Parenti, già papà de 'Le Ienè) è stato teatro di diversi arrivi e addi polemici.
Dopo le prime tre edizioni, durante la quarta stagione del programma si verifica infatti la lite clamorosa tra Mentana e Mediaset. Verso le 22.00 del 9 febbraio 2009, poco dopo la morte di Eluana Englaro, Mentana annuncia che il giorno seguente si sarebbe dimesso dalla carica di direttore editoriale di Mediaset, in disaccordo con la rete rea di non aver cambiato il palinsesto di Canale 5 che prevedeva il programma televisivo Grande Fratello (andato regolarmente in onda), nonostante sia 'Matrix' che il Tg5 si fossero resi disponibili per uno speciale sulla vicenda Englaro.
Poco dopo, il direttore generale dell'informazione di Mediaset, Mauro Crippa, accetta le dimissioni di Mentana da direttore editoriale, cancella la puntata del programma prevista per quella sera e la sua conduzione del programma. Ne nascerà una disputa legale che si risolverà solo il 5 giugno del 2009 con un accordo consensuale che sancirà la definitiva separazione tra il Mentana e il gruppo di Cologno ma anche la fine delle ostilità nelle aule di tribunale.
Nel frattempo il 16 febbraio Mediaset aveva annunciato la nuova conduzione di 'Matrix', dal 24 febraio del 2009, affidata ad Alessio Vinci, giornalista, capo dell'ufficio romano della Cnn e corrispondente della rete all-news per l'Italia. Vinci porterà a termine la quarta stagione del programma e ne condurrà altra tre edizioni, la quinta (2009-2010), la sesta (2010-2011) e la settima (2011-2012).
All'inizio della stagione successiva (settembre-ottobre 2012), 'Matrix' rimane sospeso mentre si vocifera di un possibile approdo a Mediaset e alla conduzione dell'approfondimento di seconda serata di Augusto Minzolini, che poi non si realizzerà.
A Vinci viene affidata la conduzione del contenitore domenicale 'Domenica Live' sempre su Canale 5, dove il giornalista è affiancato da Sabrina Scampini. Ma il programma, che esordisce il 7 ottobre 2012, non dà i risultati sperati e dopo quattro settimane, il 4 novembre la coppia Alessio Vinci-Sabrina Scampini è sostituita da Barbara D'Urso.A dare l'annuncio è un amareggiato Vinci nel corso dell'ultima puntata del 28 ottobre.
Ora, dopo un anno di 'vacanza', 'Matrix' si appresta a tornare, accompagnato, a quanto pare, ancora da qualche risvolto polemico.
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