Il videogame è da considerarsi un sequel di Atelier Ayesha, anche se non sono stati dettagliati gli anni di differenza che passano tra una storia e l'altra. La storia sarà sostanzialmente la stessa per tutti e due io personaggi giocabili ma ovviamente potremo scoprire eventi, finali e sfaccettature diverse a seconda di chi sceglieremo.
In particolare, la parte giocata con Escha sarà più vicina agli aspetti della serie Atelier, con molti eventi spensierati. Al contrario, la parte di Logy, prevederà eventi più seri.