Dovrà però attendere la mezza età per vedere pubblicati i suoi soli migliori, sotto le etichette Alligator e Delmarks. Nel 1988, in un brutto incidente stradale in Indiana, dove perderanno la vita bassista e tastierista della sua band, Johnson resta gravemente ferito, allontanandosi inevitabilmente dal mondo della musica. Tornerà nel ’94 con la Verve, per poi incidere con il fratello Syl, Two Johnsons are Better than One, nel 2002, seguito da un live due anni dopo. Con Buddy Guy, è attualmente è uno dei pochi rappresentanti ancora in vita del blues di Chicago.