Il loro primo figlio Zachary è nato il giorno di Natale del 2010 e tempo dopo Lady Gaga sarà la sua madrina.
A proposito del piccolo Zachary, Furnish racconta:
Penso che riceverà un mucchio di attenzioni, di continuo.Potrebbe soffrire di troppe attenzioni due volte: prima di tutto perchè uno dei genitori è estremamente famoso e poi perchè è il figlio di due papà.
Ci siamo informati, abbiamo parlato con chi poteva consigliarci. Abbiamo riempito un raccoglitore con i documenti e le notizie della sua nascita, con le persone coinvolte e con l'intento di mostrare che tutto ciò è stato fatto per amore. Vogliamo che Zachary cresca orgoglioso della persona che è.
Durante lo scorso anno John aveva affermato che, da quando è diventato genitore, sono cominciati i mesi più belli di tutta la sua vita, ma è anche preoccupato per i pericoli a cui la gioventù omosessuale si deve affacciare. In una lettera al The Guardian, il musicista esprime che l'essere genitori è una benedizione e al tempo stesso una responsabilità che incute timore. Concludendo dice: Siamo determinati a farlo crescere in un mondo differente da quello in cui siamo cresciuti noi.