Tralasciando il periodo dell'infanzia e dell'adolescenza, durante i quali Bakunin, figlio di un aristocratico relativamente liberale, riceve la tipica educazione della nobiltà dell'epoca ed accetta la dottrina cristiana così come la interpreta la chiesa ortodossa (che implica il riconoscimento del sacro diritto dello zar a governare il suo impero), si può senz'altro affermare che il suo pensiero si risveglia verso il 1834 quando, a vent'anni, entra in contatto con la filosofia idealista tedesca. E' Nikolai Stankevich ad iniziarlo alla lettura di Kant, attraverso una fitta corrispondenza (destinatarie della quale, erano però le sorelle di Bakunin) che suscita l'entusiasmo quasi sconfinato del giovane Michail. Negli anni successivi, nel 1936, l'entusiasmo metafisico, come testimoniano le lettere dell'epoca, raggiunge una dimensione quasi mistica, e comincia a muoversi verso Fichte: l'esaltazione della moralità assoluta, l'Io come creatore del mondo spirituale. Bakunin, in quell'anno, legge "Introduzione alla vita beata" e traduce le "Lezioni sulla missione del dotto", entrambi di Fichte, filosofo per il quale nessun'azione può essere considerata morale qualora risponda ad un imperativo alieno dall'Io; germe dell'affermazione anarchica della personalità come valore supremo. Con un'evoluzione del tutto logica, se si vuole, da Fichte passa a Hegel, e l'euforia metafisica insieme all'entusiasmo mistico proseguono, diventando semmai addirittura ancora più ardenti: si tratta di un Hegel romantico, dove la complessa trama dialettica riveste assai meno importanza dell'impeto ontologico, un Hegel fatto su misura per quanti intendono rivoluzionare tutto il pensiero senza nulla cambiare della realtà sociale e politica. Un Hegel abbastanza diverso da quello coltivato dai "giovani hegeliani". E' la terza fase, legge la Fenomenologia, l'Enciclopedia e la Filosofia della Religione. Traduce frammenti di Hegel, di Marheincke, di Goschel.
Sono gli anni 1830 e l'hegelismo serve, in Russia in quel momento, come nuovo ed adeguato strumento intellettuale per giustificare l'autocrazia zarista: il principio della razionalità del reale finisce per sostenere la razionalità dello Stato e dello Stato assoluto. Nel Bakunin di questi anni, come si può leggere dalla sua corrispondenza, c'è solo un leggero accenno alla critica sociale e politica, mitigata da un'adesione più o meno tacita allo status quo. Tutto il suo entusiasmo è riservato alla metafisica, l'unica cosa che lo interessi veramente, insieme alla spiritualità trascendente ed all'infinito interiore: annota su suoi quaderni hegeliani che "Non esiste il male; il Bene sta dappertutto. Il solo male è la limitazione dell'occhio spirituale. Tutta l'esistenza è vita dello spirito; non esiste niente al di là dello Spirito; lo Spirito è la conoscenza assoluta, l'amore assoluto e, di conseguenza, la felicità assoluta".
Nel 1840, Bakunin è un giovane aristocratico che ha già avuto seri conflitti con il padre ed ha rinunciato ad una carriera militare, preferendo essere un soldato della filosofia tedesca, piuttosto che un ufficiale dell'artiglieria russa. Nel 1942 parte per Berlino dove, pur non arrivando ad essere allievo di Hegel, che non insegna a Berlino, segue le lezioni di Schelling, un altro dei tre grandi della filosofia post-kantiana. Qualche storico ha suggerito che ci potrebbe essere verificata la possibilità che nell'aula dove insegnava Schelling, in un dato momento, si siano incontrati Bakunin, Stirner e Kierkegaard.
Ma gli insegnamenti del vecchio filosofo, sempre più portati verso la mitologia e la teosofia, sembrano deludere le aspettative di Bakunin che, dopo circa un anno e mezzo, si stanca e decide di abbandonare i corsi universitari. Il suo proposito di raggiungere Berlino per completare i suoi studi e poter così tornare in patria per insegnare filosofia all'Università di Mosca, viene rapidamente dimenticato. Il suo soggiorno a Berlino rappresenta, più la fine del periodo russo, che l'inizio del periodo europeo di Bakunin che comincerà invece con il suo viaggio a Dresda, nel 1842. A dare inizio a questo secondo periodo - così come era stato Stankevich, per il primo - sarà Ruge, il quale avrebbe anche esercitato una forte influenza sul giovane Marx, e che era il portavoce della sinistra hegeliana, con il suo periodico Hallische Jahrbücher. In realtà, i cosiddetti "giovani hegeliani" erano radicali, principalmente impegnati nella critica della cultura e della religione, che esercitavano avvalendosi del metodo dialettico di Hegel, del quale disprezzavano il sistema metafisico. Pur non negando che tutto il reale fosse razionale, sottolineavano l'idea per cui il reale è divenire che si produce secondo un ritmo dialettico, per cui la realtà, e quindi la razionalità, va concepita come una trasformazione perpetua e niente è meno reale della stagnazione e della perpetuazione dello status quo. In questo modo, convertivano l'Hegel storico - che negli ultimi anni si era dimostrato un pensatore del tutto conservatore, se non reazionario - in un vero e proprio filosofo della rivoluzione. La dialettica, nelle mani dei giovani hegeliani, diventava un ariete che veniva usato contro la tradizione, contro la monarchia, contro la chiesa, il feudalesimo e lo Stato.
"La reazione in Germania, è il primo saggio importante pubblicato da Bakunin, sotto lo pseudonimo di Jules Elysard; tipico esempio di letteratura della sinistra hegeliana. Con quest'opera si conclude la prima tappa del secondo periodo del pensiero di Bakunin, ovvero l'epoca in cui è un membro della sinistra hegeliana in senso stretto. Senza però dimenticare che, in generale, rimarrà un dialettico per tutto il suo secondo periodo, per circa vent'anni, anche quando i riferimenti espliciti ad Hegel e alla dialettica si faranno sempre più rari. D'ora in poi, non mancherà mai la presenza di Feuerbach. La seconda tappa - in Germania, poi in Francia e poi nelle prigioni russe e in Siberia - che in filosofia è caratterizzata da una dialettica fondamentalmente idealista, sotto l'aspetto politico-sociale può essere definita democratico-socialista. Incomincia con la lettura del libro di Stein, "Il socialismo ed il comunismo nella Francia d'oggi", per mezzo del quale entra in contatto con le idee di Saint-Simon, Leroux, Fourier e Proudhon. Nello stesso periodo, conosce il poeta Herwegh il quale, a sua volta, lo mette in contatto con il movimento de "La giovane Germania" e lo presenta a George Sand. Per Bakunin, è il periodo della scoperta della cultura e dello spirito francese. Poi, durante la sua permanenza in Svizzera, conosce l'opera, il pensiero e la persona di Weitling, sarto, figlio naturale di un soldato francese e di una ragazza tedesca, il quale, in un certo qual modo, rappresenta la sintesi dei due paesi che saranno successivamente i due paesi più ammirati da Bakunin: la Germania e la Francia. Il libro di Weitling, dal titolo "Le garanzie dell’armonia e della libertà" (1842) propugnava un comunismo che poteva essere definito quasi "anarchico", dal momento che a suo avviso nella società ideale, il governo andava sostituito da un'amministrazione, e la legge sostituita dall'obbligo morale. Poi, a Parigi, nel 1844, Bakunin conoscerà Lamennais, Leroux, Considerant, Cabet, Blanc, ovvero i vertici del socialismo utopico. Ma conoscerà, soprattutto, i due uomini che più di tutti gli altri influiranno sulla formazione del pensiero maturo e definitivo di Bakunin, e saranno un tedesco ed un francese, Pierre-Joseph Proudhon e Karl Marx, il polo positivo e quello negativo della sua attività intellettuale.
In quegli anni, a prescindere dall'ammirazione che manifesta per loro, Bakunin non può essere definito né marxista, né proudhoniano: la sua ideologia corrisponde piuttosto all'ambito romantico democratico-socialista precedente alla rivoluzione del 1848 e, in termini molto generali, ad un idealismo etico-sociale sempre più lontano, nella forma e nel linguaggio, dall'idealismo dei giovani hegeliani, sebbene in fondo non del tutto alieno da esso. "E' un mistico nato, e morirà restando mistico, idealista e romantico, ed il suo aver rinunciato alla filosofia non significa che abbia cambiato di ingegno" - scrive, non senza ragione, a proposito di lui, il suo amico, lo scrittore russo Belinski.
La terza tappa del suo secondo periodo, che inizia con la sua partecipazione al Congresso Slavo, tenutosi a Praga nel giugno 1848, si caratterizza per la comparsa - o si dovrebbe dire, per la fioritura - del nazionalismo slavo e del panslavismo: le posizioni filosofiche continuano ad essere le stesse, sebbene risultino sempre più implicite, e non vengono negati gli ideali democratici e socialisti. A differenza della più parte dei leader politici dei popoli slavi soggetti alla Turchia, che vedono nell'impero russo l'unica forza capace di liberarli dal giogo musulmano e che, conseguentemente, non sollevano obiezioni all'autocrazia zarista, Bakunin insiste, così come i membri della "Giovane Germania" e come quasi tutti i nazionalisti dell'epoca, a vincolare nazionalismo e democrazia. Secondo Bakunin e questa maggioranza di democratici nazionalisti, la lotta essenziale e la contraddizione di base avviene fra dinastia e patria, tra re e nazione, tra sovranità del monarca e sovranità del popolo. In termini politici, è la lotta di un individuo (il monarca) ed una piccola minoranza (i nobili) contro un'immensa maggioranza (il popolo). In termini etici, è niente di meno che la lotta tra il vile egoismo e la generosa ampiezza. "Patria" non è solo libertà, ma anche uguaglianza e fratellanza. D'altra parte, in questo momento, dopo il fallimento della rivoluzione del 1848, si comincia a definire chiaramente la sua attitudine anti-borghese. Come si legge nel suo Appello agli Slavi, la borghesia costituisce per lui una classe essenzialmente contraria alla rivoluzione, mentre sono chiamati a realizzarla, i contadini (classe ampliamente maggioritaria non solo in Russia e nei paesi slavi, ma in tutta Europa). Dal maggio del 1849 fino all'agosto del 1861 rimane in prigione: arrestato in Sassonia, poi portato in Austria, poi in Russia e, alla fine, confinato in Siberia. La sua attività letteraria, se si esclude la Confessione allo Zar, è praticamente nulla per tutto questo periodo. Si può dedurre, senza dubbio, che al suo arrivo a Londra, nel 1861, conservi le stesse idee e gli stessi propositi di quando è stato arrestato, nel 1849, considerato che quasi immediatamente comincia a cospirare per la libertà della Polonia e si mette a lavorare a preparare una spedizione in quel paese. Sembra quasi che, per tutti questi dodici anni, il suo pensiero sia rimasto congelato, cosa che non risulta difficile da comprendere se teniamo conto del fatto che la mente di Bakunin necessita dello stimolo dei fatti sociali per poter funzionare e per cambiare. Un cambiamento importante, il più importante di tutti, che lo condurrà alla sua ultima forma, la più caratteristica. Questo avverrà quando, fallita la spedizione in Polonia, Bakunin, disilluso circa i nazionalisti polacchi, si allontanerà da ogni nazionalismo, senza non prima aver pagato un tributo di ammirazione a Garibaldi, liberatore dell'Italia, andandolo a trovare a Caprera, nei primi mesi del 1864.
La terza ed ultima tappa della sua evoluzione intellettuale comincerà di lì a poco, a Firenze, dove si stabilisce, ed è caratterizzata dal materialismo e dall'ateismo in filosofia, dal collettivismo in economia e dall'anarchismo in politica. E' facile vedere che quest'evoluzione ha un senso inverso rispetto a quello che viene preso dalla maggioranza dei pensatori e dai militanti sociali e politici. Mentre la più parte di quelli che cambiano e si evolvono solgono passare da sinistra a destra, dalla rivoluzione, o quanto meno dal riformismo, alla reazione e al conservatorismo, col passare della gioventù e l'arrivo dell'età matura. Bakunin compie il percorso inverso, dal conformismo tradizionale della sua adolescenza all'anarchismo rivoluzionario dei suoi ultimi anni, dall'idealismo metafisico al materialismo ateo o "anti-teista". Questa terza ed ultima tappa avrà tre sotto-tappe: 1) quella fiorentina (dal 1864 al 1865); 2) quella napoletana (dal 1865 al 1867); 3) quella svizzera (dal 1867 al 1876). Si può notare come l'ateismo ed il materialismo di quest'ultimo periodo non siano liberi dall'influenza della dialettica hegeliana. Così come persistono, quanto meno nel periodo fiorentino, alcune idee ed alcune posizioni nazionaliste. A Firenze, Bakunin fonda una "fratellanza" che, secondo Woodcock, "è passata alla storia come un'organizzazione nebulosa", concepita "come un ordine di militanti disciplinati, con la consegna di diffondere la rivoluzione". In realtà, sarà il Catechismo del Rivoluzionario il primo documento in cui si proclama la rinuncia al nazionalismo come fattore rivoluzionario ed in cui appare, chiaramente delineato, il credo anarchico di Bakunin. Senza che però abbiano corso tutte le conseguenze logiche di tale credo: manca una negazione radicale dello Stato, come manca un rifiuto categorico del parlamentarismo. Il Catechismo Rivoluzionario, che Bakunin scrive rivolto ai membri di un'altra organizzazione, più solida e più definitivamente anarchica nel suo programma, la Fratellanza Internazionale, è a favore del federalismo e dell'autonomia comunale, in politica, del socialismo e del collettivismo, in economia, e dichiara impossibile la rivoluzione senza l'uso della forza, mentre rivela una struttura gerarchica nell'organizzazione interna, con un'enfasi niente affatto libertaria per quel che riguarda la disciplina interna. Se la sotto-tappa fiorentina può essere considerata come la transizione fra nazionalismo e anarchismo, la sotto-tappa napoletana è caratterizzata dal federalismo collettivista e da un socialismo anarchico incipiente, però non del tutto aliena da idee che, da un punto di vista logico, sono incompatibili con l'anarchismo. Alla fine di questo periodo, l'intervento personale di Bakunin al Congresso per la Pace e la Libertà di Ginevra dove, appena arrivato, viene calorosamente accolto da Garibaldi e dalla crema del liberalismo europeo, vuole dimostrare a quest'élite intellettuale, e all'Europa intera, che il lottatore russo si trova al di là del liberalismo e della democrazia: è passato definitivamente nel campo della rivoluzione sociale. La terza sub-tappa, quella svizzera, va dal Congresso del 1867 fino alla morte, avvenuta nel 1876, e può essere considerata come il consolidamento finale del materialismo ateo, del collettivismo e del federalismo, cioè della concezione anarchica di Bakunin.
A questo periodo corrisponde la fondazione dell'Alleanza Internazionale della Democrazia Socialista, il cui programma è più esplicitamente anarchico di quello della Fratellanza Internazionale napoletana, e mostra l'influenza dell'Associazione Internazionale dei Lavoratori. In questo periodo Bakunin scriverà una delle sue opere più organiche a proposito di Federalismo, Socialismo e Antiteologismo: politicamente, l'abolizione dello Stato unitario e centralizzato che dev'essere rimpiazzato da una federazione di comuni liberi e liberamente federati fra di loro; economicamente, la socializzazione della terra e dei mezzi di produzione, che devono passare dai proprietari fondiari alle comunità di lavoratori (non allo Stato); filosoficamente, materialismo basato sulle scienze della natura e sulla negazione di ogni divinità personale e di ogni religione positiva.
Fra i tre principi (federalismo, socialismo, antiteologismo), Bakunin pone un vincolo di solidarietà interna. Non si tratta, come in Marx, di identificare una struttura ed una sovrastruttura, nella società. Non si tratta di farla prima finita col capitalismo, di modo che alla fine crolleranno anche lo Stato e la religione. Si tratta, piuttosto, di affrontare un unico nemico con tre facce, le tre facce orribili della proprietà privata (la prepotenza economica), dello Stato (la prepotenza politica) e della religione (la prepotenza spirituale). “E' la lotta contro Dio che condiziona ogni battaglia contro il potere politico: risulta impossibile abbattere il potere temporale senza demolire allo stesso tempo la religione. Tutta la violenza dell'ateismo di Bakunin deriva da questa ragione dirimente" (H.Arvon: "Bakunin, Absoluto y Revolución").
Período idealista metafísico (1835-1841):
Idealismo trascendentale (kantiano) – 1835
Idealismo assoluto (fichtiano) – 1836
Idealismo assoluto (hegeliano) – 1837-1841
Período idealista dialettico (1842-1864)
Sinistra hegeliana – 1842
Democrazia socialista – 1842-1848
Nazionalismo democratico (panslavismo) – 1848-1864
Período materialista (1864-1876)
Transizione dal nazionalismo all'anarchismo – 1864-1865
Inizi dell'anarchismo e del materialismo – 1865-1867
Anarchismo collettivista ed ateo – 1867-1876