Nacque a El Paso nel Texas, e passò la sua gioventù a Los Angeles in California. Gene Roddenberry fu un'uomo che visse la sua vita osservando il futuro!
Roddenberry nel 1941 si arruolò nell'aeronautica degli USA e fu cosi che divenne un aviatore. Ebbe il riconoscimento della medaglia Distinguished Flying Cross per le sue azioni nello scenario del Pacifico.
Dopo avere lasciato il servizio militare, fu pilota commerciale per Pan American World Airways e in seguito rese i suoi servigi nel Dipartimento di Polizia di Los Angeles dal 1949 al 1956.
Visse nell'era di Via con il vento, nell'era di cowboy contro indiani, che spopolavano nella Hollywood di allora.
Ebbe il merito di essere un "visionario" al punto tale da sfidare la sua epoca stessa![...]
Star Trek da enorme flop ad un mito che dura fino ad oggi, è il suo maggior capolavoro! Dopo la serie classica, per intenderci quella che vedeva come protagonisti William Shatner, il mitico capitano J.T.Kirk e di Leonard Nimoy, il suo secondo ufficiale "Vulcaniano", il freddo e logico Spok (era solito dire di fronte ad un evento eccezionale la frase: " Interessante"!). Dopo un'iniziale diffidenza verso teletrasporti, razze aliene, comunicazioni senza fili a distanze impensabili (gli apparecchi usati allora per le comunicazioni: " Kirk ad Enterprise", sembrano predire quegli apparecchi che chiamati " cellulari", per la precisione i microtac della Motorola, che in un futuro più o meno prossimo avrebbero fatto capolino nella nostra vita), tricorder e replicatori.
Ma prima di Star Trek, scrisse altre sceneggiature per molte delle serie popolari della televisione degli anni cinquanta. Senza troppa fortuna provò a far dare il via ad altre serie di fantascienza, ottenendo risultati molto al disotto delle sue aspettative. Verso la fine degli anni '70, Roddenberry fu docente in varie università del paese. I suoi fan lo chiamavano affettuosamente con il soprannome di " Grande Uccello della Galassia", da una creatura mitica a cui si fa riferimento in un episodio della serie originale di Star Trek.
Roddenberry si sposò due volte. Ebbe due figli dalla prima moglie, Eileen Rexroat con la quale rimase sposato per 27 anni. Il suo secondo matrimonio fu con Majel Barrett che ha interpretato il primo ufficiale della nave stellare Enterprise nel primo episodio pilota " Lo zoo di Talos", l'infermiera Christine Chapel sempre nella serie originale di Star Trek, il personaggio di Lwaxana Troi e la voce del computer nelle tre serie seguenti.
Gene Roddenberry aveva ricevuto un'educazione religiosa ed aveva frequentato con assiduità le funzioni della Chiesa Battista fino all'adolescenza, contrariamente a tutto ciò si considerava uno scettico razionalista, fino ad aderire nel 1986 alla American Humanist Association (associazione statunitense dell'umanesimo secolare), la quale nel 1991 gli riconobbe il premio Humanist Arts Award. Quando mori, una piccola capsula con le sue ceneri fu mandata nello spazio al fine di orbitare attorno alla Terra per 6 anni, alla fine dei quali bruciò nell'atmosfera durante la caduta. In suo onore è stato battezzato un asteroide "4659 Roddenberry" e un "cratere" su Marte.
Dopo la sua morte nel 1991, gli eredi permisero la creazione di altre due fortunate serie televisive basate su alcune delle sue idee e soggetti rimasti incompiuti. Pianeta Terra - Cronaca di un'invasione ( Earth: Final Conflict) e Andromeda sono divenute realtà sotto la guida di Majel Barrett. Una terza storia di Roddenberry fu adattata nel 1995 per una breve serie di fumetti, Gene Roddenberry's Lost Universe.