All’inizio del II Millennio a.C., la sfera del sacro sembra essere racchiusa nei contesti funerari. Nel mondo Egeo, ad esempio, si nota la presenza di edifici con recinti pavimentati e altari nelle necropoli della Messarà, a Mochlos, ad Archanes e, fuori Creta, a Lakkoudes a Nasso. In altre aree cretesi abbiamo un edificio sotterraneo, accessibile con una scala, al cui interno sono state trovate offerte dedicate a un culto ctonio, ossia alle divinità sotterranee. Si è pensato che nelle necropoli i riti non riguardassero solo il culto dei morti, ma anche riti legati alla fertilità, o comunque non in stretta relazione con la morte. Il ritrovamento di un manufatto ceramico con quattro uomini che danzano, suggerisce che l’area pavimentata poteva essere utilizzata per danze. I rinvenimenti nelle necropoli egee di simboli della fertilità, come falli di terracotta, vasi a forma di bue e doppie asce cerimoniali, e il fatto che lo stesso culto della fertilità, le doppie asce, la Dea dei Serpenti saranno poi trasferiti nei palazzi, sotto l'autorità centrale, confermano questa ipotesi, anche se i modelli con figure umane che fanno offerte ai morti o preparano il pane sembrano legati alla sfera delle offerte funebri. Qualche tavola per libagioni posata nelle aree pavimentate, testimonia anche un culto collettivo fuori dalle necropoli. Più difficile è stabilire l'esistenza di luoghi di culto coperti, pur se in un edificio a Myrtos è stata trovata una grande quantità di statuette. In genere si considera segno di attività cultuale la presenza di tavole per la libagione (kernoi) di pietra, in relazione con le corti pavimentate, e di alcuni vasi rituali, come la ceramica antropomorfica e zoomorfica usata per libagioni. Verso il 1700 a.C. nascono i culti nelle cime delle montagne, attestati dal rinvenimento di ceneri miste ad ossa animali, statuette umane e animali, coppe, vasi miniaturistici, modelli di terracotta, sigilli, bronzi, tavole per le offerte.
Nello stesso periodo si data l'inizio del culto in santuari in grotta, anch'essi con tracce di frequentazione più antiche che risalgono al periodo precedente, se non al Neolitico. Sempre in periodo protopalaziale si datano alcuni santuari all'interno degli insediamenti, con edifici costruiti in posizione elevata con al centro una corte aperta con un pozzo, forse dedicati a culti legati all’acqua. All'interno è stato trovato materiale di culto che comprende statuette a forma umana, una tavola circolare per libagioni, vasi di pietra e contenitori di piccole dimensioni per unguenti, oltre a contenitori per l'immagazzinamento e pesi da telaio. In altri edifici sacri sono presenti vasi per la conservazione di derrate alimentari e vino, insieme a oggetti legati al culto. A partire dal 1650 a.C., si hanno testimonianze iconografiche e archeologiche della formazione di una classe sacerdotale che partecipa a rituali di offerta e sacrificio, a processioni e danze, e il palazzo emerge come centro cultuale. Le cerimonie erano officiate negli spazi aperti o nelle sale da banchetto. La crescita economica e sociale di Creta porta a un aumento dei segni gerarchici e allo sviluppo di santuari extraurbani, soprattutto santuari sulle cime, che già esistevano prima della fondazione dei palazzi, ma che ricevono rinnovato impulso dalle nuove élites, con offerte particolarmente ricche (bronzi, armi, gioiellerie, vasi di pietra e di argilla depurata). Le divinità adorate in questi santuari hanno diverse origini; alcune dovevano derivare dal periodo precedente, anche se si trovano scarse testimonianze (statuette femminili di pietra o terracotta, uccelli o rhytà a forma di toro). Nuove immagini di divinità si ritrovano su sigilli e amuleti durante tutto il XVII a.C. e mostrano nuove divinità minoiche. Gli oggetti votivi più ricchi sono quelli che si rinvengono nei santuari di vetta e, in base alla loro funzione o alla loro natura, essi sono stati recentemente suddivisi in tre categorie: intrinseci, convenzionali e specifici. I votivi intrinseci sono quelli donati alla divinità soprattutto per il loro valore, quindi oggetti personali come gioielli o oggetti da bagno, ma anche armi o utensili. I votivi convenzionali sono quelli che si dedicano per il ruolo rituale e sono di varia natura: ceramica per libagioni, rhytà, tavole per offerte, lampade, doppie asce, statuette di adoranti, corna di consacrazione; l'offerta di animali rientra in questa categoria e poteva essere accompagnata o sostituita dall'offerta di statuette zoomorfe, come indica la corrispondenza tra le ossa degli animali sacrificati e le statuette.