Dopo questa breve e coincisa collocazione storica, però, passiamo alla trama. Nel 1999 durante un crollo minerario vengono ritrovate delle gigantesche ossa appartenenti a un Godzilla, insieme a una crisalide apparentemente morta, mentre una seconda crisalide pare essersi staccata e fuggita. Nello stesso anno un misterioso terremoto devasta la città di Janjira, nella quale si trova una centrale atomica che finisce in pezzi. Nella distruzione muore la moglie dell’ingegnere Joe Brody (Bryan Cranston) e madre di Ford (interpretato nella sua versione adulta da Aaron Taylor-Jhonson). Il padre si impunta per cercare di capire cosa sia successo e si rifiuta di credere sia stata colpa di un terremoto. Effettivamente a provocare il sisma era stato il MUTO (Massive Unidentified Terrestrial Organism) che si era staccato dalla crisalide. 15 anni dopo mentre Joe e Ford stanno per scoprire la verità, il MUTO si risveglia e insieme a esso un altro esemplare femmina in America. Idue si nutrono di radiazioni e le bombe sono inutili, inoltre producono un segnale EMP in grado di disattivare ogni oggetto elettrico. Nel frattempo si risveglia anche Godzilla (che nel film Ken Watanabe chiama Gojira, suscitando l’ilarità di tutto il cinema…ma il nome giapponese del mostro è proprio Gojira, mentre Godzilla è la versione americanizzata del nome) predatore naturale dei MUTO.
La trama è molto classica e non gli si può neanche dare troppo addosso, perché alla fine è una classica storia alla Godzilla. Quello che veramente da fastidio sono i colossali buchi lasciati in questa trama. Qualche esempio? Bene. Godzilla viene presentato come il “predatore naturale” dei MUTO…ma di solito il predatore caccia per uno scopo (cibo, protezione del territorio, ecc…) mentre Godzilla vuole ammazzare i MUTO solo perché gli stanno sulle balle. Una storia di cattivo vicinato finito male insomma. I MUTO, inoltre, sono in grado di rilasciare un impulso EMP molto potente…ma essendo mostri preistorici (nonostante somiglino a dei Megazord) cosa diavolo ci facevano con un EMP? Il protagonista del film, infine, è uno dei più grandi porta sfiga del millenio: da piccolo è in Giappone e il kaiju gli ammazza la mamma, torna in Giappone e si risveglia il MUTO, si sposta alle Hawaii e il mostro attacca le hawaii, la sua famiglia vive a Los Angeles e tutti i mostri si danno appuntamento in città…tutti quelli che gli stanno attorno schiattano…ma fatti due domande, no?