Dopo il disastro di Black Mesa, Gordon Freeman è prelevato e messo in condizione di stasi da un individuo noto al pubblico come G-Man. Il governo bombarda l'area cancellando ogni prova della sua esistenza; nel frattempo, un consorzio di razze aliene denominato Combine, rilevato il picco provocato dalla breccia utilizzata dal Nihilanth (il "boss" finale di Half-Life) per invadere la Terra, decreta l'invasione in massa del pianeta.
L'invasione del Combine (la Guerra delle Sette Ore) è veloce e devastante. Il Combine prende misure drastiche per mantenere un controllo serrato: i sopravvissuti sono radunati in città-prigioni sparse in tutto il mondo, obbligate a servire l'oppressore mentre questo depreda la Terra di tutte le sue risorse sotto la minaccia di morte o di "conversione" forzata allo stato di servitori. La Resistenza, guidata dai pochi sopravvissuti di Black Mesa, aiuta i cittadini a fuggire dalle città-prigioni per accoglierli in basi sicure e consentire una lotta armata nel tentativo di cacciare l'oppressore.
Capitoli.
« Si svegli, mister Freeman. Si svegli. Non che voglia insinuare che lei abbia dormito sul lavoro. Nessuno merita riposo più di lei. Ma tutti gli sforzi del mondo risulterebbero vani finché... diciamo solo che è di nuovo giunto il suo momento. L'uomo giusto nel posto sbagliato può fare una grande differenza. Perciò si svegli, mister Freeman. Apra gli occhi e si svegli. »
(G-Man)
Punto d'arrivo.
Gordon Freeman, portato da un misterioso uomo noto con il nome di G-Man fuori dalla stasi forzata in cui è rimasto per un periodo indefinito di tempo, è introdotto nel disastrato scenario di City 17, una delle molte città-prigione create dai Combine. Nel suo luogo d'arrivo (la stazione centrale di City 17) si rende subito conto dell'ostilità dell'ambiente che lo circonda. I soldati Combine presidiano ogni uscita e trascinano via chiunque non sia minimamente in regola con i permessi. Lì, attraverso un maxischermo, vede i suoi sospetti confermarsi dal discorso di quello che sembra il dittatore locale. Un uomo che Gordon conosce fin troppo bene: Wallace Breen, ex amministratore delegato e capo di Black Mesa. In poco tempo la sua presenza viene intercettata da un soldato Combine che lo porta a forza in una sorta di stanza delle torture, soldato che si rivelerà essere Barney Calhoun, membro della Resistenza infiltrato nella polizia ed ex guardia giurata a Black Mesa, nonché amico di vecchia data di Gordon. Barney indicherà la strada per raggiungere Isaac Kleiner, anch'esso scienziato a Black Mesa; durante il tragitto Gordon scamperà ad una retata della Protezione Civile Combine grazie all'aiuto di Alyx Vance, figlia di Eli.
Un giorno memorabile.
Dopo aver recuperato la tuta H.E.V. ed assistito al teletrasporto di Alyx, il dottor Kleiner tenta di teletrasportare Freeman verso un luogo più sicuro: tuttavia, a causa di un incidente fortuito, l'impianto subisce dei danni, il processo fallisce e Gordon si trova teletrasportato per alcuni secondi in vari luoghi casuali di City 17, tra cui lo studio di Breen che, riconoscendolo, ne ordina l'immediato arresto. L'anomalia viene ristabilizzata e Gordon torna al punto di partenza, ma i danni irreparabili all'attrezzatura lo costringono a raggiungere Vance ed il suo gruppo di ribelli a piedi.
Itinerario Kanal.
Braccato dai Combine, che stanno dispiegando uomini e mezzi per farlo fuori, Gordon viene a conoscenza della "fauna" terrestre della post-invasione: succhiatesta e cirripedi hanno trovato nella fanghiglia tossica e nei luoghi bui dei canali un habitat perfetto. Sarà in seguito indirizzato ad una base della Resistenza, dove trovare un mezzo di trasporto per superare le acque tossiche dei canali di drenaggio.
Acque pericolose.
Un hovercraft di fortuna diventa il suo alleato nel tentativo di sfondare i posti di blocco Combine e fuggire dal loro fuoco. Inseguito da un elicottero Combine, è costretto a passare attraverso il sistema di tubature infestato dalle specie aliene. Dopo l'installazione di una mitragliatrice Combine sull'hovercraft, Gordon riesce ad abbattere l'inseguitore e a superare la diga che lo separa dalla sua meta: la base-laboratorio di Eli Vance "Black Mesa Est".
Black Mesa Est.
Nella base Gordon rivede Vance per la prima volta dal disastro di Black Mesa, conoscendo nel frattempo Judith Mossman, collaboratrice di Eli. Viene anche a conoscenza di una certa tensione esistente tra quest'ultima e Alyx, infastidita dalla grande ammirazione che Judith ha per suo padre. Terminati i loro screzi, quest'ultima lo accompagna ad una sorta di discarica nel retro della base: qui viene in possesso di un'arma che agisce generando campi gravitazionali, la Gravity Gun, e incontra Dog, un robot creato da Eli con scarti di attrezzature Combine. Una improvvisa incursione delle milizie nemiche li coglie di sorpresa, e il crollo di un soffitto li divide, così Gordon si ritrova da solo e costretto a scappare passando attraverso un vecchio insediamento umano abbandonato, Ravenholm.
Non andiamo a Ravenholm.
Ravenholm è stato uno degli ultimi insediamenti umani a cadere per mano dei Combine, che hanno utilizzato capsule contenenti headcrab vivi come arma biologica per annientare ogni forma di resistenza. I pochi superstiti sono fuggiti verso la costa, mentre gli altri sono finiti per diventare organismi ospiti per le specie aliene. Gordon comincia ad attraversare questa città fantasma fino fare la conoscenza dell'unico superstite che ancora sorveglia le sue strade abbandonate: Padre Grigori, un prete che durante le prime fasi dell'infestazione ha fatto il possibile per aiutare i concittadini a fuggire. Dopo avere raggiunto la chiesa, resa una fortezza dal prete, Gordon riesce a fuggire attraverso il cimitero grazie al sacrificio di Grigori, che tiene occupate le creature.
Dopo un primo incontro con i tiratori scelti del Combine, Gordon raggiunge alcuni ribelli asserragliati in un'officina sulla costa, aiutandoli a respingere il nemico. Contattato via radio da Alyx, scopre che Eli è stato catturato insieme a Judith e portato in un penitenziario, Nova Prospekt.
Autostrada 17.
Grazie ad un vecchio dune buggy armato di cannoncino orientabile, Gordon inizia il suo viaggio sulla costa di City 17 per raggiungere la prigione: la presenza Combine è massiccia e a intralciarlo è pure il fatto che dune e spiagge brulichino di formicheleone (chiamate anche "Mymirodont"), specie insettoide abitanti in tunnel sotterranei, privi di vista e udito ma molto sensibili alle vibrazioni del terreno. Dopo aver incontrato ad un posto di blocco ribelle il colonnello Odessa Cubbage e la sua squadra, Gordon raggiunge diversi punti presidiati dai Combine, tra cui un ponte ferroviario. Una volta superati gli ostacoli che gli impedivano di avanzare, Freeman raggiunge la Lighthouse Base, una base su una scogliera vicino ad un vecchio faro in disuso.
Trappole di sabbia.
Un'altra offensiva del nemico lo spinge verso le spiagge sottostanti, luogo di riproduzione delle formicaleone. Quando sta per raggiungere un altro punto di rifornimento della Resistenza viene attaccato da una guardia formicaleone: una volta eliminata, un vortigaunt ne asporta i feromoni, che aiuteranno Gordon ad addomesticare le formicaleone soldato per usarle come una vera e propria arma durante il suo assalto diretto al penitenziario di massima sicurezza e lo condurrà ad una via d'accesso sicura.
Nova Prospekt.
L'incursione si trasforma in una vera e propria guerriglia nella quale le formicaleone costituiscono un esercito nelle mani del protagonista. Durante il percorso, Gordon raggiungerà svariati punti di osservazione Combine connessi con il sistema di sicurezza del penitenziario. In uno di questi un monitor gli mostrerà qualcosa di misterioso e terrificante: dei prigionieri, pallidi e terrorizzati, connessi a mostruosi macchinari metallici che ne alterano l'aspetto e li torturano. Una voce risuona dagli altoparlanti; è quella di Breen. Parla di come i "loro benefattori" (così definisce i Combine) siano seccati per la mancata cattura di Freeman e per come la gente stia prendendo la sua fuga da City 17 come esempio di speranza. Tuttavia il dittatore declina le sue responsabilità in maniera infantile asserendo che è assurdo come un esercito di soldati geneticamente rinforzati non sia riuscito a fermare un solo uomo che non è altro che un ricercatore scientifico. L'incursione prosegue ed avanza e Gordon raggiunge la parte più esterna della struttura, collegata con una rete ferroviaria, dove finalmente incontra Alyx.
Intreccio Quantistico.
Grazie ad un grimaldello elettronico, Alyx riesce a portare Gordon fino alla cabina di controllo del braccio di massima sicurezza. Qui vedono le condizioni in cui si trovano i detenuti ritenuti più pericolosi. Sono rinchiusi in alcune sorte di bozzoli metallici ancorati alle pareti e tenuti in uno stato di sonno sospeso. Alyx individua suo padre ed avvia la procedura di rilascio. Il loculo si apre ed il dottor Vance riprende conoscenza. La sua gioia per l'arrivo della figlia è palpabile, ma quasi la rimprovera di aver corso un simile rischio. Ma ora non importa, altre truppe Combine potrebbero arrivare da un momento all'altro ed il dottor Kleiner è riuscito ad infiltrarsi nel terminale di controllo del teletrasporto del penitenziario. Alyx da lì appuntamento al padre con la promessa che lei e Gordon si sarebbero preoccupati anche della dottoressa Mossman e, dopo averlo fatto rientrare nel loculo, lo trasporta nel luogo dell'incontro.
I due raggiungono una delle sale di controllo principali del penitenziario ed Alyx cerca di utilizzare il suo terminale per localizzare Judith, non essendoci riuscita con quello usato in precedenza. Tuttavia, facendo questo, fa una scoperta terribile: in uno dei monitor vede la dottoressa Mossman libera ed intenta a discutere con la voce di Wallace Breen. I due parlano di un accordo precedentemente stipulato, secondo il quale Breen non avrebbe fatto del male al dottor Vance a patto che lei gli consegnasse Freeman vivo. Judith non ha alcuna scelta se non quella di onorare il suo accordo, ma Breen sembra riluttante a tener fede a quanto promesso, delegando il destino di Eli alla volontà dei "loro benefattori" e imputando alla sua complice una certa leggerezza di valutazione dovuta ai suoi evidenti sentimenti per Eli. Alyx è sconvolta.
Le truppe Combine stanno arrivando. Una fuga forsennata li porta in vantaggio ed arrivano nella sala del teletrasporto dove Judith è tenuta prigioniera, costretta a lavorare ad un miglioramento di quell'apparecchiatura tenendo a mente la tecnologia che ha aperto il varco per Xen durante l'incidente di Black Mesa, ideata da Eli. Alyx quasi aggredisce la donna obbligandola ad attivare il macchinario per loro. Eli viene inserito nel vano, ma i Combine stanno arrivando, e in un attimo di distrazione Gordon ed Alyx non si accorgono che Judith è entrata nel teletrasporto e lo ha attivato. Le urla di rabbia di Eli sono l'ultima cosa che i due sentono prima di vederli sparire. Alyx si mette in contatto con Kleiner che gli dice che quel tipo di macchinario ha un tempo di ricarica molto lungo prima del nuovo utilizzo. Gordon tiene impegnate le truppe. Gli allarmi suonano. La truppa d'élite sta per arrivare. Il macchinario si riattiva appena in tempo. I due ci si fiondano e l'ultima cosa che vedono sono le granate dei Combine d'élite piovere e devastare la sala. Appena in tempo.
Anticittadino Uno.
I due arrivano al laboratorio di Kleiner. Il silenzio regna sovrano. Un'entrata è sbarrata. Alyx bussa. Kleiner esce fuori con un fucile in mano, gli occhi sgranati e la tunica logora. Qualcosa di grave è accaduto. Sembra che un malfunzionamento dell'apparecchiatura Combine abbia sì permesso a Gordon ed Alyx di viaggiare nello spazio, ma non istantaneamente. Più precisamente sono rimasti sospesi per una settimana prima di rimaterializzarsi. Nel frattempo la voce della sorprendente evasione da Nova Prospekt si è sparsa veloce ed il popolo di City 17 l'ha presa come un segnale definitivo che l'ora di ribellarsi è arrivata. Il popolo è insorto. Gli scontri sono costanti. Purtroppo c'è anche una cattiva notizia: la traditrice ha portato Eli nella Cittadella dei Combine (l'immensa torre che domina la città). Barney è già stato inviato con un gruppo della resistenza per salvarlo, ma ha bisogno di rinforzi.
Alyx deve rimanere con Kleiner, per cui è Gordon a doverlo raggiungere. Fortunatamente avrà la compagnia di DOG, che nel frattempo ha ritrovato la strada del ritorno. Una volta usciti ci si troverà davanti ad uno scenario completamente inedito: City 17 è un campo di battaglia. Ovunque ci sono detriti, barricate di fortuna, edifici crollati e cadaveri di soldati di ambedue le fazioni. Separatosi da DOG dopo uno scontro, Gordon prosegue per la città-campo di battaglia con l'aiuto dei membri della resistenza che, a poco a poco raduna. Dopo un bel po' di strada incontra di nuovo Alyx che, messo al sicuro il Dr. Kleiner, gli chiede aiuto per distruggere uno dei generatori Combine che in città alimentano i dispositivi di sicurezza e sterminio. La missione riesce, ma le forze nemiche soverchianti catturano Alyx e costringono Gordon alla fuga in uno stabilimento idrico.
Seguite Freeman.
Gordon semina i suoi inseguitori e raggiunge un gruppo di ribelli con notizie di Barney: è asserragliato sul tetto di un palazzo semidistrutto circondato da cecchini. Non senza difficoltà elimina la minaccia invisibile e salva l'amico che lo conduce vicino ad un grande edificio (anticamente forse un museo) sede del complesso di sorveglianza principale di City 17 e di un'arma devastante. Sul suo tetto è stato costruito una sorta di cannone disintegratore al plasma che sta decimando la resistenza e gli innocenti cittadini. L'unico modo per farlo senza correre rischi è con un'operazione segreta di infiltrazione e sabotaggio, ma i ribelli vengono scoperti ed il terribile macchinario si attiva. Gordon e Braney che riescono a penetrare nella struttura. L'interno è ben protetto quasi quanto l'esterno dalla migliore tecnologia Combine.
L'obbiettivo è distruggere i tre generatori che alimentano questo quartier generale. Una volta compiuta la missione lo scontro si sposterà sul tetto dove si potranno vedere i ribelli accerchiare il palazzo senza più il pericolo del laser mortale e la protezione civile respingerli mandandogli contro un plotone di Strider (simili ai tripodi de La guerra dei mondi e altrettanto letali). Lo scontro a colpi di bazooka è lungo ed estenuante e miete molte vittime, ma vede prevalere la resistenza. Un rumore familiare risuona nel silenzio dopo la battaglia: è Dog, seguito da Barney e dalla resistenza, che ha sentito la presenza di Alyx e punta alla cittadella. Usando la sua forza apre un passaggio sotterraneo attraverso una grande conduttura. Gordon si avvia verso il centro della forza Combine.
I nostri benefattori.
Attraverso le condutture Gordon penetra nella cittadella e si trova in un largo corridoio di assemblaggio dei loculi destinati alla detenzione dei prigionieri. Questi bozzoli d'acciaio si spostano per tutta la struttura attraverso una sorta di funivia automatica, per cui Freeman, per non farsi scoprire dalle ingentissime forze Combine, penetra in uno di essi e si lascia trasportare (in questa sequenza il giocatore non può muoversi, ma guardandosi attorno può vedere diverse porzioni dell'edificio in cui si trova). L'interno della cittadella assomiglia ad un alveare metallico. Viaggiando Gordon vede cantieri per l'arsenale bellico, laboratori di ricerca e qualcosa che aveva già intravisto a Nova Prospekt: uomini, torturati, mutilati ed integrati con macchinari e genomi alieni, utilizzati come schiavi o addestrati a diventare soldati Combine.
Il viaggio termina e Gordon finisce in una sala dove un raggio voltaico individua e disintegra tutte le sue armi. Tuttavia la potenza del raggio non ha effetto sulla sua corazza e sulla Gravity Gun che, al contrario, si potenziano diventando la prima più efficace e la seconda un vero e proprio fucile disintegratore in grado di sterminare un intero plotone con un colpo. Con questa nuova sensazionale arma l'avanzata non è più il suicidio che sembrava all'inizio. Tuttavia delle videocomunicazioni del Dr.Breen lasciano intendere una cosa: lui è perfettamente consapevole dell'infiltrazione di Freeman nella cittadella. Un nuovo viaggio su una delle funivie d'assemblaggio lo portano verso la cima della struttura e... in trappola.
Energia oscura.
Uno squadrone di soldati d'élite lo attende alla fine del viaggio per immobilizzarlo e sottrargli la nuova Gravity Gun. Gordon è finito in una trappola orchestrata dal dottor Breen, certo che lui sarebbe venuto a salvare i suoi compagni, con l'aiuto della dottoressa Mossman che, infatti, accoglie Freeman e lo porta nell'ufficio personale di Breen. Qui, il dittatore, sta parlando con Eli (immobilizzato) dei Combine e di come lo abbiano fornito di una "consapevolezza superiore". L'arrivo di Gordon fa cessare qualunque discorso e getta nello sconforto Eli. Breen, al contrario sembra euforico di vedere il suo vecchio impiegato.
Il suo ricatto è semplice: o Eli impone ai ribelli la ritirata o lui ordinerà l'immediato bombardamento di City 17. Nonostante questo, Vance sembra piuttosto determinato a non cedere, ma quando Breen gli mostra la figlia e lo minaccia di ucciderla, Eli tentenna. Lo stesso non si può dire di Alyx che continua a reagire. La cosa non sembra sconvolgerlo, e si rivolge a Freeman sostenendo che, comunque sia, dopo le gesta che ha compiuto i ribelli si sono fatti un'immagine di lui come del nuovo leader della resistenza. La rivolta deve finire, o Eli e Alyx saranno trasportati sul pianeta dei Combine, dove un'orribile morte li attende. La situazione non fa in tempo a degenerare che Judith, vedendo minacciato anche Eli e portato al parossismo il suo senso di colpa, minaccia Breen, avvia la procedura di rilascio dei due compagni e disattiva il generatore principale della cittadella. Breen è infuriato e, prima di scappare, prende la Gravity Gun e spara a Gordon con il solo risultato di liberarlo. Lui ed Alyx si gettano al suo inseguimento e, quando lo raggiungono, lo trovano a parlare con l'ologramma di una creatura spaventosa a cui si rivolge come "vostra maestà".
Quello era un Combine nella sua vera forma e Breen sta impostando la procedura di attivazione di un generatore ad energia oscura che lo teletrasporterà immediatamente sul pianeta dei suoi padroni. Riesce a scappare ancora una volta. Ma Alyx e Gordon gli stanno sempre dietro. L'ultima scenario dell'avventura è il generatore ad energia oscura che Breen sta attivando. Gordon dovrà distruggerlo prima che si attivi (cosa che farebbe esplodere l'interno della sala). La corsa contro il tempo è estenuante. Tutto è accompagnato dall'apologo delirante del dittatore nei confronti dei suoi padroni Combine. Si arriva sul tetto dove un piccolo generatore indipendente sta gestendo i macchinari. Gordon riesce a convogliare la sua energia contro Breen ed il suo misterioso generatore.