Heroes racconta la storia di alcune persone le cui vite sono sconvolte dalla scoperta di possedere poteri straordinari. A seguito di un'eclissi solare, il giovane infermiere Peter Petrelli crede di poter volare; la cheerleader Claire Bennet scopre di essere indistruttibile; l'impiegato Hiro Nakamura manipola il tempo e lo spazio; il pittore Isaac Mendez sa prevedere il futuro; la madre single Niki scopre un inquietante segreto nello specchio e il poliziotto Matt Parkman si accorge di sentire i pensieri altrui.
Le loro vite si intrecciano con quella dello scienziato Mohinder Suresh, che riprendendo le teorie del padre assassinato, ha scoperto l'esistenza di geni nel DNA umano in grado di originare superpoteri. Gli "eroi" cercano di venire a patti con lo sconvolgimento delle loro vite: alcuni abbracciano la propria condizione straordinaria, altri ne sono spaventati, altri ancora vorrebbero ignorarla e tornare alla vita di sempre; alcuni vorrebbero usarla per il bene comune, altri per il proprio tornaconto, il tutto mentre sono alle prese con i loro problemi personali. Peter si confida con il cinico fratello Nathan, interessato solo alla propria campagna elettorale; Claire deve fare i conti con i segreti della sua famiglia adottiva; Parkman è alle prese con un matrimonio e una carriera in pericolo; Mendez ha una dipendenza dall'eroina che lo porta a essere abbandonato dalla fidanzata Simone; Hiro deve convincere lo scettico Ando a lasciare il loro lavoro a Tokyo e accompagnarlo a New York per salvare il mondo; Niki tenta di crescere il figlio Micah senza il marito DL che si trova in prigione.
Ben presto si accorgono che forze più grandi lavorano nell'ombra e sembrano conoscere segreti sui loro poteri che essi stessi ignorano. Una misteriosa organizzazione spia gli eroi, li rapisce e sottopone a esperimenti; un potente mafioso tira le fila di una cospirazione politica e uno spietato serial-killer, anch'egli dotato di superpoteri, li cerca uno ad uno per ucciderli e impadronirsi delle loro abilità. Passo dopo passo, il destino li conduce a incontrarsi per tentare di impedire una catastrofe che sta per abbattersi su New York City. Ma per riuscirci dovranno prima "salvare la cheerleader per salvare il mondo".
Il concetto di "eroe" nella serie
La serie introduce un nuovo modello di rappresentazione televisiva degli "eroi". Prima dell'avvento della serie di Tim Kring infatti, il pubblico era abituato agli eroi classici, come Achille o Serse, e agli eroi dei fumetti, quali Superman, Batman, Spiderman, ecc. Con Heroes invece gli "eroi" sono comuni mortali che scoprono di avere abilità fuori dall'ordinario. In tal modo è facile per lo spettatore immedesimarsi nella vita di un "eroe", perché tutti potrebbero esserlo. La teoria di evoluzione della serie si ricollega a quella darwiniana, con persone comuni che affrontano il processo di evoluzione acquisendo eccezionali abilità. Ma nella serie viene ripreso anche il concetto di superuomo di Nietzsche. Infatti viene esaltato il valore dell'essere gruppo dei personaggi e i superpoteri hanno senso solo nel loro insieme, creando un micromondo, che è l'unico di guidare l'umanità verso la salvezza.
Prima stagione – Volume uno: Genesi La prima stagione, formata da 23 episodi, include il primo volume della serie, Genesi, e racconta di come alcuni individui sparsi per il mondo si scoprano piano piano dotati di eccezionali abilità nettamente al di sopra delle normali capacità umane e di come queste influenzano la loro vita privata e professionale. Negli ambienti scientifici, il professor Chandra Suresh, biologo indiano specializzato in genetica, da molto tempo è dedito a studi che possano confermare la sua teoria, secondo la quale nell'evoluzione umana, ai giorni nostri, si siano già verificati molti casi di progressione del DNA dovuta alla selezione naturale in molti individui, avvertibili tramite manifestazioni di nuove capacità. Il figlio del professore, Mohinder, insegnante di scienze, inizialmente non sostiene la causa del padre (più che altro per motivi legati allo scherno che ne deriva in ambienti scientifici), ma un giorno apprende che è stato ucciso da un misterioso assassino. Mohinder ricorda che nell'ultima volta in cui lo vide, il padre gli raccontò di avere ormai trovato il suo "paziente numero zero", ovvero il primo soggetto nel mondo a possedere facoltà eccezionali, il quale aveva forse accettato di sottoporsi ad analisi ed esperimenti. Convinto che il paziente sia l'assassino, e mosso dal senso di rivalsa, Mohinder parte per gli Stati Uniti, dove risiedeva il padre, deciso a portarne a termine gli studi.
Nel frattempo, gli heroes convivono con le loro eccezionali facoltà, non tutti allo stesso modo: c'è chi tenta di ignorarle per continuare a seguire la propria vita e chi invece ne vorrebbe fare pura e completa virtù per cambiare la propria esistenza. Tutti, però, a loro insaputa, sono da tempo nelle mire di un'entità misteriosa che trama nell'ombra alle loro spalle: la Compagnia, che ha lo scopo di studiarli, internarli e sfruttarli. Inoltre, tutti sono collegati tra di loro da una catena narrativa ed esistenziale, e presto si scopriranno inevitabilmente destinati a incontrarsi per salvare il mondo, lottando nel frattempo contro un serial killer che cerca di ucciderli tutti per rubarne i poteri: Sylar.
Seconda stagione – Volume due: Generazioni La seconda stagione, composta da 11 episodi, comprende il secondo volume della serie: Generazioni. La storia riparte quattro mesi dopo gli eventi culminanti nella precedente stagione, principale argomentazione è lo studio da parte della Compagnia di un particolare ceppo del virus Shanti, e le interazioni con esso di tutti gli Heroes per salvaguardare il pianeta da una sua possibile diffusione pandemica che porterebbe alla quasi cancellazione del genere umano, cosa auspicata dal pluricentenario Adam Monroe, ex membro della Compagnia in cerca di vendetta. Nel corso della stagione vengono presentati una serie di nuovi soggetti avanzati, tra cui Maya Herrera e suo fratello Alejandro. Sylar, sopravvissuto alle ferite riportate alle fine della stagione precedente, ha perso i suoi poteri a causa del virus Shanti ed è intenzionato a recuperarli. Hiro nel frattempo, trasportatosi per errore nel Giappone del 1671, fa la conoscenza del suo eroe Takezo Kensei che si rivela essere un avventuriero inglese di nome Adam Monroe con la capacità di rigenerare i propri tessuti e grazie a questo di vivere per secoli.
Terza stagione La terza stagione, composta da 25 episodi, comprende il terzo e il quarto volume della serie, intitolati rispettivamente Criminali e Fuggitivi.
Volume tre: Criminali Nel terzo volume, corrispondente ai primi 13 episodi, l'argomentazione principale ruota intorno alla figura di Arthur Petrelli, il padre di Nathan. L'uomo, creduto morto fino ad allora, fonda una nuova "compagnia", la Pinehearst Company, che ha come obiettivo sviluppare una formula capace di dotare di poteri anche le persone normali, sconvolgendo il mondo in modo epocale. Nel corso della stagione si scopre che l'uomo tre anni prima era sopravvissuto a un tentativo di avvelenamento attuato dalla moglie Angela, che voleva salvare Nathan. Infatti Nathan era venuto a conoscenza di alcuni legami mafiosi tra suo padre e Linderman ed era sul punto di denunciare tutto alle autorità, così Arthur aveva pianificato di ucciderlo. La Pinehearst arruola per la sua causa alcuni heroes "cattivi" evasi dal Livello 5 durante uno scontro tra Sylar (che era andato nella sede della Compagnia in cerca di nuovi poteri) e componenti della Compagnia stessa, Mohinder, Elle Bishop, Sylar (a cui Arthur fa credere di essere il suo vero padre allo scopo di sfruttarlo), ma anche lo stesso Nathan, con la sua nuova assistente Tracy Strauss, nonché sorella gemella di Niki Sanders. Ad opporsi ai piani della nuova società saranno Angela Petrelli e Noah Bennet, con l'aiuto degli altri "heroes", che riusciranno a distruggere la formula e la stessa sede della Pinehearst. Arthur Petrelli finirà ucciso per mano di Sylar, che si vendica dopo aver scoperto di essere stato manipolato.
Volume quattro: Fuggitivi Il quarto volume, corrispondente agli ultimi 12 episodi, racconta, conseguentemente alla distruzione sia della vecchia Compagnia, sia della Pinehearst, di come gli Heroes cercano di ritornare a vite normali, mentre Sylar è impegnato in una personale ricerca del proprio passato. Nel frattempo però, Nathan Petrelli si mette a capo di una divisione autorizzata dal Presidente e dal Governo degli Stati Uniti, gestita insieme all'agente Emile Danko, che ha lo scopo di internare, per garantire la pubblica sicurezza, tutti i soggetti che possiedono capacità sovrumane. Molti soggetti avanzati finiranno imprigionati, ma riusciranno a liberarsi grazie all'aiuto di altri "heroes", su tutti Micah Sanders, che all'inizio del volume si presenta usando la misteriosa identità di Rebel. Sylar, dopo aver scoperto la vera identità del padre, si allea temporaneamente con l'agente Danko, che gli offre la possibilità di trovargli nuovi soggetti avanzati e avere quindi nuovi poteri se lo aiuterà a imprigionarne alcuni. Dopo aver assorbito il potere di un mutaforma però, Sylar assume le sembianze di Nathan e chiede un incontro al Presidente, allo scopo di rubarne l'identità. Nathan, che nel frattempo si era allontanato dalla divisione governativa dopo che Danko aveva scoperto che poteva volare, cerca di fermare Sylar con l'aiuto del fratello Peter e della madre Angela, oltre che di Noah Bennet e Claire. Dopo un intenso duello però, Sylar riesce a uccidere il senatore, ma prima che possa attuare il suo piano, il killer viene stordito da Peter. Subito dopo Angela Petrelli e Noah Bennet convincono Matt Parkman a usare il suo potere per far credere a Sylar di essere realmente il senatore. Così quest'ultimo potrà mettere definitivamente fine a qualsiasi attività governativa rivolta contro i soggetti avanzati.
Quarta stagione – Volume cinque: Redenzione La quarta stagione, composta da 19 episodi, comprende il quinto volume della serie, Redenzione. La storia riprende dopo i fatti del finale del quarto volume ed è incentrata prevalentemente sulla riassunzione della propria identità da parte di Sylar e dalla comparsa di un nuovo personaggio di nome Samuel Sullivan, gestore di un circo, The Carnival, formato esclusivamente da persone dotate di superpoteri. Samuel, cerca in tutti i modi di raccogliere nel suo circo più heroes possibile, poiché la sua abilità, la geocinesi, è alimentata dalla presenza di altri soggetti avanzati attorno a se. Inoltre il circense, colto da megalomania, ha intenzione di presentarsi a New York con il suo circo e uccidere in diretta televisiva più persone possibile, rivelando così al mondo la propria esistenza. Nonostante i vari tentativi di ostacolarlo da parte di Noah Bennet e Claire, riesce ad arrivare sul punto di mettere in atto il suo piano, di cui i membri del suo circo ne sono all'oscuro. A Central Park però, Noah e Claire, con l'aiuto di Peter, Hiro, che durante la stagione vince una battaglia personale con un tumore al cervello, e Sylar, riusciranno a fermarlo. Il serial killer nel corso del volume vive una redenzione: dopo aver riassunto la propria identità chiede a Matt Parkman di fargli un nuovo lavaggio del cervello e cancellargli i poteri, ma non essendo in grado, il poliziotto decide di rinchiuderlo in un incubo, facendolo cadere in coma. Poiché Peter viene a conoscenza, usando il potere della madre, che Sylar può fermare Samuel, prende il potere di Matt e lo raggiunge nel suo incubo, riuscendolo a liberare dopo averlo aiutato ad affrontare il tormento provocatogli dalle cattive azioni commesse in passato.
Prologo al Volume sei: Il mondo nuovo Nonostante una quinta stagione non sia stata poi prodotta, l'ultimo episodio della quarta stagione, dopo il finale del quinto volume, mostra come di consueto l'inizio del nuovo, il sesto, intitolato Il mondo nuovo. L'inizio del volume sei è l'immediata continuazione del quinto volume. Claire attira l'attenzione su di sé delle telecamere che erano state chiamate da Samuel, sale su una ruota panoramica del luna park e si butta giù, in diretta televisiva, con lo scopo di rivelare la sua esistenza, e di quelli come lei, al mondo intero. Sylar commentando la scena accanto a Peter esclama:
È uno strabiliante mondo nuovo