Fra queste due città e quella di Chich'en Itzà, si forma, intorno al 1000, una sorta di triplice alleanza, alleanza che durò però breve tempo: infatti, verso il 1194, Mayapan muove guerra a Chich'en Itzà e, con l''appoggio di truppe mercenarie messicane, riesce a conquistare la città mettendola a ferro e fuoco. La gloria di Mayapan però fu di breve durata: nel secolo XV i TTutul-Xiu hanno, infatti, riorganizzato le proprie forze e, alcuni anni dopo, muovono guerra alla città rivale. I Cocom chiedono l'appoggio di Montezuma il Vecchio , sovrano degli Aztechi; ma nonostante i potenti alleati, sono costretti a fuggire lasciando la città in mano dei Tutul-Xiu.
Qualche tempo dopo, nel 1530, i Cocom muovono alla riconquista, aiutati da Montezuma II; ma a questo punto sopravviene un avvenimento imprevisto: i conquistatori spagnoli che dovevano distruggere per sempre la vecchia e gloriosa civiltà.
Un gruppo di militari spagnoli era già apparso sulle coste dello Yucatan nel 1511, quivi portato da una violenta burrasca. I naufraghi erano stati fatti immediatamente prigionieri ed erano stati sacrificati agli dèi. Solo due di essi si erano salvati, dei quali, uno fu ritrovato da Fernando Cortez nel 1519, mentre il secondo, sposatosi con la figlia di un capo maya, alla venuta delle truppe spagnole si chierò decisamente contro i propri compatrioti.
La conquista dello Yucatan non fu facile per gli Spagnoli, avendo i Maya, in quei momenti decisivi per la loro sopravvivenza, dimostrato una fierezza e una bellicosità inaspettate. Fernando Cortez e Bernal del Castillo fecero alcuni tentativi per conquistare il territorio, senza però ottenere dei risultati positivi. Nel 1527 Francisco de Montijo riuscì invece a impossessarsi dell'isola di Cozumel, abitata solo da un esiguo nucleo di Maya, e, muovendo di lì, riuscì a conquistare Chich'en Itza. Quattro anni dopo una rivolta lo costrinse a ritirarsi, e solo la spedizione intrapresa dal figlio del Montijo potè considerarsi un'effettiva vittoria.
Nel 1548 lo Yucatan potè essere definitivamente sottomesso e fu annesso all'Impero del Messico, già in mano spagnola da oltre vent'anni.
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