La villa di Varramista fu costruita verso la metà del XVI secolo dalla famiglia fiorentina dei Capponi su progetto dell'architetto Bartolomeo Ammannati.
L'edificio è stato poi ristrutturato a inizio del XVII secolo e completato soltanto nella seconda metà del XVIII secolo.
La villa è appartenuta alla famiglia dei Capponi fino al 1953, anno in cui venne acquistata dall'industriale Enrico Piaggio che ne fece la sua dimora, vicina ai propri stabilimenti di Pontedera.