L'altare del Sancta Sanctorum
Nel Medioevo la residenza dei pontefici era situata non in Vaticano, ma in San Giovanni in Laterano. A fianco della basilica, edificata da Costantino, tuttora sono visibili i palazzi pontifici e la cappella privata del papa che si chiamò, in un primo momento, S. Lorenzo in Palatio e poi Sancta Sanctorum.Gregorovius (1821-1891), studioso della Roma medioevale, chiamò il Sancta Sanctorum il più venerato santuario di Roma nel Medioevo. Non si conosce esattamente il momento di fondazione della cappella lateranense. Il titolo di San Lorenzo in Palatio è menzionato, per la prima volta, alla metà dell'VIII secolo, sotto il pontificato di Stefano III. All'epoca la cappella si trovava al piano superiore dell'archivio pontificio e fu, forse, per questo che venne dedicata a San Lorenzo, protettore dei libri e dei tesori della Chiesa.
Leone III (795-816) e Gregorio IV (827-844) aumentarono l'importanza della cappella. Il primo vi fece traslare numerosissime reliquie, Gregorio IV fece costruire, accanto al Sancta Sanctorum, un appartamento ad uso dei pontefici che rendeva la cappella privata. Il modello simbolico al quale il Sancta Sanctorum si ispirava - al pari della cappella degli imperatori a Bisanzio e ad Aquisgrana - era il Tempio di Salomone a Gerusalemme.
La cappella del Sancta Sanctorum
Nel XII secolo si ebbe una disputa tra i canonici di S. Giovanni in Laterano e quelli di S. Pietro in Vaticano sul titolo di caput ecclesiarum al quale entrambe aspiravano. Il diacono Giovanni, canonico del Laterano, per affermare la supremazia della basilica lateranense, scrisse delle note apologetiche dedicate ad Alessandro III (1159-1181). In questo scritto Giovanni elenca tutte le reliquie conservate nella basilica, soprattutto nella cappella di S. Lorenzo, all'interno di un'arca denominata "de sanctis sanctorum". Quindi l'appellativo era, inizialmente, rivolto solo all'arca contenente le reliquie e solo in seguito passò all'intera cappella.Nel 1277 un forte terremoto colpì Roma e danneggiò, tra gli altri edifici, anche la cappella del Sancta Sanctorum che dovette essere rifatta ex novo, dal pavimento alle pareti. Sisto V, poi, alla fine del 1585, fece demolire la residenza papale, lasciando intatto solo il Sancta Sanctorum davanti al quale fece trasportare la Scala Santa.
La Scala Santa al Laterano
L'attuale edificio fu costruito da Domenico Fontana e l'attuale cappella del Sancta Sanctorum coincide con il primo oratorio. La famiglia dei Cosmati venne chiamata a ristrutturare e decorare la cappella. L'ingresso originale si trovava, forse, di fronte all'altare, l'accesso alla cappella è chiuso da un portone in bronzo risalente al IV secolo.Per quanto riguarda le reliquie e la disputa con i canonici di San Pietro, i canonici lateranensi potevano vantare la presenza, in loco, di ricordi rimandanti direttamente a Cristo. Inoltre sull'altare pontificio all'interno della cappella, vi era la più preziosa icona del Salvatore. L'immagine si ritrova, per la prima volta, nel Liber Pontificalis, nella vita di Stefano II, che la portò in processione per evitare un attacco dei Longobardi.
Ogni anno, il 14 di agosto, una processione serale si muoveva dietro l'icona del Salvatore, prelevata dal Sancta Sanctorum. Il gruppo percorreva via dei Santi Quattro, attraversava il Colosseo, l'Arco di Tito e la chiesa di S. Maria Nova fino a raggiungere Santa Maria Maggiore.
Una delle cause della perdita d'importanza del Sancta Sanctorum fu la riorganizzazione di Sisto V e lo spostamento della residenza papale in Vaticano. A questo punto il Sancta Sanctorum perse il ruolo di monumento-documento e, con questo, la sua importanza. Sisto V vi fece porre la Scala Santa, che prende il nome dalla cosiddetta Scala Pilati che, secondo una tradizione medioevale, sarebbe la scala del palazzo del governatore romano Ponzio Pilato. Qui, secondo una tradizione, Cristo avrebbe lasciato tracce del suo sangue sul secondo, sull'undicesimo e sul ventottesimo gradino.
Il Patriarchio Lateranense
La Scala Pilati fu portata a Roma da Elena, madre dell'imperatore Costantino, che la fece collocare nel palazzo dei Laterani, dove divenne oggetto di venerazione da parte dei fedeli che avevano l'abitudine (come molti fedeli di oggi) di salirla in ginocchio.Il Liber Pontificalis vuole che papa Adriano I (772-795) dispose la distribuzione quotidiana dei viveri ai poveri che stazionavano nel portico che sorgeva presso la scala, anche se non è ben chiaro se questo passo si riferisca proprio alla Scala Pilati. Le prime menzioni sicure della Scala Pilati al Laterano risalgono al 1450. Nel 1723 Innocenzo XIII fece ricoprire i gradini con tavole di legno di noce per ripararli dall'usura.
Per quel che riguarda le sacre reliquie contenute nel Sancta Sanctorum, nel 1905 venne fatta una ricognizione che scoprì l'esistenza di molte di esse, la maggior parte delle quali non identificabili. La ricognizione evidenziò anche l'esistenza di reliquiari, avori, stoffe, teche e pergamene. Tra questi oggetti vi è una croce gemmata del VI secolo, l'arca in cipresso di Leone III e la croce aurea smaltata dei tempi di Pasquale I. Molti di questi oggetti si trovano oggi ai Musei Vaticani, mentre le reliquie furono lasciate sotto l'altare.