Le fonti sono piuttosto incerte, considerata la damnatio memoriae a cui dovette sottostare, negli anni seguenti, la memoria del regno del faraone eretico (come venne chiamato da più di uno studioso). Certo è che tra Akhenaton e l'altrettanto celebre Tutankhamon, sul trono egiziano sedette un altro faraone se non, addirittura, altri due. Un gruppo di archeologi belgi pensa che sia proprio Nefertiti la figura di collegamento tra due dei più famosi faraoni della storia.
Harco Williams, professore di Egittologia alla Cattolica di Lovanio sostiene, addirittura, di avere le prove di quanto afferma. Durante alcuni scavi in Egitto, Athena Van der Pierre, ricercatrice che lavora con lo stesso Williams, ha ritrovato un'iscrizione in una cava di arenaria a nord di Akhetaton/Amarna, la capitale del regno effimero di Akhenaton. L'iscrizione cita Nefertiti quale prima moglie del faraone nel penultimo anno di regno. "Grande Sposa Reale, sua amata, signora delle due terre, Neferneferuaten Nefertiti" viene menzionata come viva in un periodo del XVI anno di regno di Akhenaton (terzo mese di Akhet, giorno 15, vale a dire settembre).
Non è cosa da poco, dal momento che la più avanzata "prova in vita" di Nefertiti risaliva, finora, al XII anno di regno di Akhenaton. Gli archeologi pensano che il faraone abbia scelto, ad un certo punto del suo regno, un co-reggente. Questo periodo coincide con la scomparsa, dalla storia ufficiale, di Nefertiti. L'archeologo John Harris, negli anni '70, teorizzò che Nefertiti non solo era morta, ma aveva mutato il suo nome rinunciando al ruolo di Grande Sposa Reale al fianco del marito. Avrebbe, pertanto, assunto - secondo Harris - il nome prima di Neferneferuaten e poi quello di Smenkhkare. Successivamente avrebbe lasciato il trono a Tutankhamon, figlio di Akhenaton e di una sposa secondaria.
Ora l'archeologo Williams afferma che Nefertiti cambiò effettivamente nome, ma continuò ad essere la consorte di Akhenaton. In seguito, nel sedicesimo anno di regno di quest'ultimo, venne elevata al rango regale. Proprio questa soluzione spiegherebbe, a detta dell'archeologo, il mistero sui due misteriosi successori del faraone eretico. Il cartiglio di Neferneferuaten, fa notare Williams, si traduce anche come "efficace per suo marito" e questa notizia, aggiunta ad altre informazioni raccolte proprio in questi giorni dagli archeologi belgi, confermano che la bellissima Nefertiti regnò da sola finquando Tutankhamon non fu in grado di salire al trono. E' il caso di riscrivere la storia della XVIII Dinastia?