Fu nell'antichità una città edomita e poi divenne capitale dei Nabatei. Verso l'VIII secolo fu abbandonata in seguito alla decadenza dei commerci e a catastrofi naturali, e, benché le antiche cavità abbiano ospitato famiglie beduine fino ad anni recenti, fu in un certo senso dimenticata fino all'epoca moderna. Il complesso archeologico fu rivelato al mondo occidentale dall'esploratore svizzero Johann Ludwig Burckhardt nel 1812.
Le numerose facciate intagliate nella roccia, riferibili per la massima parte a sepolcri, ne fanno un monumento unico, che è stato dichiarato Patrimonio dell'umanità dall'UNESCO il 6 dicembre 1985. Anche la zona circostante è dal 1993 parco nazionale archeologico. Nel 2007, inoltre, Petra è stata dichiarata una delle cosiddette sette meraviglie del mondo moderno.
Petra è situata a mezza strada tra il Golfo di Aqaba e il Mar Morto, ad un'altezza tra 800 e 1396 metri s.l.m., (l'area urbana si situa intorno ai 900 m) nella regione montagnosa di Edom ad est del Wadi Araba, a circa 3 ore di strada da Amman.
La posizione e la disponibilità di acqua ne fecero un luogo propizio allo sviluppo e alla prosperità di una città. Il luogo è accessibile solo da nord-ovest, per uno stretto sentiero di montagna, e da est attraverso un canyon lungo circa 1,5 km e profondo fino a 200 metri, il Sîq, che ospitava la principale strada di accesso.
Le tombe di Petra sono scavate nei canaloni e sui fronti rocciosi delle montagne, mentre l'area urbana, a causa della mancanza di vegetazione, è caratterizzata da un vasto affioramento di pietrame derivante dal crollo degli alzati degli edifici, sicché roccia e pietre sono visibili in ogni punto.
Le costruzioni funerarie sono in gran parte ricavate nell'arenaria policroma di età paleozoica (deposito deltizio Cambriano/Ordoviciano - Form. di Umm Ishrin Sandstone), una roccia sedimentaria prodotta dalla sedimentazione e dall'accumulo di piccoli granelli di sabbia. Il risultato di questo processo è una roccia coerente e resistente, ma al contempo facile da scavare, organizzata in strati o bancate.
Una caratteristica particolare di queste arenarie è la variazione del colore, con sfumature dal giallo ocra al rosso fuoco al bianco, dovute alla diversa concentrazione degli ossidi durante il lungo processo di consolidamento. Queste spettacolari variazioni cromatiche sono particolarmente visibili sui soffitti di molti ipogei di Petra.
Nei dintorni di Petra si trovano anche rocce contenenti silice, che i Nabatei sfruttavano per produrre un cemento impermeabile. L'ingresso della città è un antico letto fluviale, una profonda gola tagliata nelle alte pareti di arenaria che venne trasformata in trincea viaria deviando altrove il corso del torrente.
L'area di Petra è molto vicina al sistema Mar Morto-Valle del Giordano, caratterizzato da un'intensa attività tettonica, con cinematica trasforme-transtensiva sinistra, legata alla separazione (rift) tra placca arabica e africana. Il 19 maggio 363, e poi ancora nel 419, nel 551 e nel 747 ebbero luogo terremoti che danneggiarono la città e i suoi monumenti.
Ancor oggi sono visibili impianti destinati a raccogliere e a distribuire l'acqua superando i forti dislivelli del terreno, in particolare sbarramenti e cisterne a cielo aperto. Per la raccolta esisteva anche un'importante rete di cisterne sotterranee. A nordest e a sudest di Petra, le acque del Sîq scorrevano in gallerie scavate nella roccia e intonacate con gesso impermeabile, o in una rete idrica in leggera pendenza, fatta di tubi di terracotta o di ceramica. Questa rete alimentava l'acquedotto, le 200 cisterne (molte delle quali erano situate sul monte Umm al-Beira, che vuol dire "Madre delle cisterne"), bacini di raccolta ed un ninfeo, che era una fontana pubblica; una parte delle cisterne, che riutilizzano anche strutture più antiche, si può tuttavia attribuire ad epoche successive a quelle urbane. Un'altra rete, di maggiore portata, consentiva di captare l'acqua di sorgenti più lontane e di rifornire quartieri più in alto. L'insieme di queste reti idriche portava a Petra circa 40 milioni di litri d'acqua al giorno.
Dal punto di vista tecnologico, il sistema di distribuzione dell'acqua a Petra è stato paragonato a quello di Roma nello stesso periodo, ed era certamente sufficiente a coprire i bisogni della città. Furono proprio i Romani che utilizzarono la rete idrica come sistema di pressione militare, tagliando l'acquedotto in occasione di un assedio, proprio come accadde secoli dopo - per vendetta della storia - alla loro città per opera di Vitige.
Il risultato di questa padronanza delle risorse idriche fu la creazione, all'epoca, di una vera e propria oasi artificiale, delle cui installazione oggi rimangono solo resti.