Le spiagge dell'isola dei Conigli a Lampedusa e della Pozzolana di Ponente a Linosa sono siti di nidificazione della tartaruga marina Caretta Caretta, anche se l'elevato numero di turisti che, nella stagione estiva soprattutto, affolla la spiaggia di Lampedusa sta velocemente allontanando le tartarughe.
Altro spettacolo unico riservato ai visitatori è dovuto al passaggio delle balene.