La Riserva si trova a Nord di Marsala, nel tratto compreso tra capo San Teodoro e capo Boeo.
La Riserva prende il nome di Stagnone per la vicinanza alla laguna, dal quale prende l’omonimo nome. La laguna dello Stagnone è il bacino più esteso della regione siciliana.
Compresa tra le quattro isole di San Pantaleo , Isola Grande, Schola e Santa Maria, la laguna presenta la particolarità di avere acque basse . Altra caratteristica dello Stagnone è la presenza di saline. Quest’ultima attività veniva svolta facendo evaporare l’acqua incanalata in speciali laghetti, e successivamente si raccoglieva il sale. Le fasi successive alla raccolta del sale(ossia pompaggio dell’acqua e la macinazione del sale) venivano svolte utilizzando dei mulini, alcuni ancora conservati.
Flora
Come logico che sia, la vegetazione che si può trovare in questo posto è solo quella che si adatta all’alto grado di salinità presente nella zona: suaeda, l'atriplice, la salicornia glauca, la salicornia strobilacea.