La nuova capitale, denominata Santa Igia, era dotata di una reggia dove risiedevano i Giudici, di una Cattedrale, dedicata a Santa Cecilia (dalla cui contrazione deriverebbero i toponimi di Santa Igia e Santa Gilla, come ancora viene chiamato lo stagno cagliaritano), di almeno altre due chiese (Santa Maria di Cluso e San Pietro dei pescatori, quest’ultima ancora esistente), altri palazzi ed edifici civili e religiosi, oltre alle consuete strutture urbane di una normale cittadina medievale. La sua ubicazione rimane dibattuta, anche se i saggi di scavo del 1983, coordinati dal Professore Francesco Cesare Casula, allora fresco titolare della cattedra di Storia Medievale dell’Università cagliaritana, hanno confermato le descrizioni degli studiosi del passato (tra i quali l’immancabile Canonico Spano) che, fino alla fine dell’ottocento, potevano osservare le rovine della capitale perduta in una vasta area compresa tra l’isoletta lagunare di San Simone, le sponde dello stagno, la parte occidentale del moderno quartiere di Sant’Avendrace e il Colle di San Michele, estremo avamposto settentrionale del territorio cagliaritano, successivamente fortificato dagli spagnoli. Proprio la presenza del colle e dello stagno fornivano una difesa naturale importante per l’abitato, che comunque venne cinto di mura e di fossati, quantomeno nell’ultimo turbolento periodo in cui Santa Igia e il Giudicato si trovarono al centro degli interessi delle Repubbliche Marinare di Pisa e Genova, nonché del Papato.
Poco si sa delle vicende storiche almeno fino alla fine del XII secolo, quando il Giudice Guglielmo I (discendente per ramo paterno dai filoliguri Obertenghi, marchesi di Massa, e per ramo materno dai Lacon-Gunale, per lungo tempo unica casa regnante di tutti i giudicati) ruppe la tradizionale alleanza con Genova, cercando l’appoggio di Pisa per invadere il Giudicato filo-genovese di Torres. Il Giudice locale, Costantino II, non solo respinse l’attacco, ma contrattaccò, invadendo a sua volta il territorio cagliaritano. A questo punto intervennero Pisa e Genova che si fronteggiarono in battaglia, svoltasi, secondo gli annalisti liguri, nel 1196 o nel 1197. I genovesi ebbero la meglio e occuparono Santa Igia, tra saccheggi e distruzioni, per poi rientrare trionfanti a Genova. Guglielmo I, nonostante la disfatta, continuò a regnare più o meno autonomamente fino alla morte, avvenuta nel 1214. Gli successe la figlia Benedetta che andò in sposa al figlio del Giudice di Arborea e si pose sotto la protezione del Papa. Alla morte del primo marito, Benedetta fu costretta a sposare Lamberto Visconti, Giudice di Gallura, il quale aveva già ottenuto per conto di Pisa, sotto la minaccia di un’invasione, la concessione per la fortificazione del colle di Castello, antica sede del Castrum romano, con lo scopo di farne un presidio per meglio curare gli interessi economici della città madre nel Giudicato.
A nulla valsero le esortazioni di Benedetta a Papa Onorio III di sfruttare la propria autorità morale per arginare l’ingerenza pisana. Anche sotto il primogenito e successore di Benedetta Guglielmo II il Giudicato si trovò stretto tra la pressione dei pisani e l’onerosa alleanza con Genova. Con il Giudice Chiano, primogenito di Guglielmo II, l’asse giudicale-genovese tentò un colpo di mano, riuscendo ad occupare temporaneamente Castel di Castro. Chiano concesse la rocca ai genovesi, in cambio dell’autonomia nella gestione del Giudicato. I pisani non stettero a guardare e sancita un ‘alleanza con il Giudice arborense Guglielmo di Capraia, con quello di Gallura Giovanni Visconti e il Conte di Donoratico, tutti desiderosi di ampliare i propri territori, mossero alla volta di Cagliari, assediando sia il Castro che Santa Igia. Dopo la morte di Chiano in battaglia nell’ottobre del 1256, divenne giudice suo cugino Guglielmo di Cepola (forse possidente dell’omonimo villaggio quartese) che fece un vero e proprio atto di vassallaggio nei confronti di Genova, rinnovando solennemente gli accordi già stipulati da Chiano. Ma nel 1257, Guglielmo di Capraia, dopo che i pisani avevano sorpreso una flotta genovese di supporto al Giudice cagliaritano, riconquistò Castel di Castro per conto di Pisa. Guglielmo di Cepola si rifugiò a Genova, dove morì, dopo aver fatto testamento al comune ligure.
Santa Igia venne risparmiata, in un primo momento. Secondo gli accordi di resa, l’amministrazione avrebbe dovuto passare nelle mani di Pisa e i genovesi avrebbero dovuto abbandonarla. Ma forte del testamento di Guglielmo di Cepola, Genova disattese i patti e Pisa, riorganizzata l’alleanza coi giudicati di Arborea e Gallura, pose sotto assedio la città. Stavolta, in una data imprecisata tra luglio e dicembre del 1258, Santa Igia venne totalmente distrutta dall’alleanza sardo-pisana, con tanto di spargimento di sale sulle rovine. Il Giudicato di Cagliari, dove diversi secoli prima era scoccata la scintilla dell’autonomia giudicale, cessò la sua esistenza, finendo per essere diviso tra Pisa, Arborea, Gallura e Donoratico. Nonostante le scoperte del 1983, il sito, già provato dall’attività di spoglio per la costruzione dell’adiacente quartiere di Sant’Avendrace, dagli anni successivi fu oggetto di varie opere di cementificazione (viabilità, Porto Canale, edilizia varia, centri commerciali). Le accalorate proteste degli studiosi ottennero solo la possibilità di qualche saggio preventivo, con la puntuale conferma che, sotto i loro piedi, giacevano le vestigia dell’antica capitale giudicale, Santa Igia, la città sepolta due volte.