Le origini di questa chiesa risalgono ai primi del 400 quando San Bernardino da Siena, durante il suo predicare, attirò un cospicuo numero di persone che decise di seguirlo nella sua scelta di vita religiosa nell’ ordine voluto da San Francesco D’ Assisi. Nacque così l’ osservanza Francescana che in breve tempo si stabilì in un convento, appena fuori alle Mura Spagnole, denominato Sant’ Angelo a imperitura memoria di una cappelletta dove, si diceva, fosse apparso l’ Angelo guaritore della peste che aveva afflitto la città meneghina.
Un grande spazio viene riservato alla Biblioteca, la più grande e la più attiva di Milano, l’ intero complesso nei secoli a venire viene purtroppo funestato da una serie di eventi di varia natura : 1743 un incendio di grande proporzioni distrugge la quasi totalità della Biblioteca insieme a parte del convento, agli inizi dell’ 800 Napoleone decreta la sospensione degli ordini religiosi mentre nel 1870 lo Stato Italiano sequestra il complesso per adibirlo a presidio Militare.
E’ solo nel primo ventennio del 900 che i frati riescono a rientrare in possesso dell’ complesso, al tempo adibito a scuderie, e con pazienza e dedizione abbattono l’ antico convento per costruirne uno nuovo recuperando, almeno in parte, il patrimonio librario ormai disperso in altre biblioteche di Milano ma purtroppo anche all’ estero. L’ abnegazione con la quale l’ intento viene perseguito ancora oggi ha permesso di raccogliere una "letteratura" specializzata di ca. 15.000 volumi, a partire dal 1200 fino ai nostri giorni a disposizione di tutti.La facciata attuale è stata realizzata nella prima metà del 600 ed è ornata da molte statue del Prestinari, mentre il campanile è stato eretto nel 1607. L'interno è a croce latina, con una sola navata centrale separata dal transetto e un arco trionfale sul quale è dipinto un affresco del Legnanino, mentre le numerose cappelle si arricchirono nel corso dei secoli di interessanti opere d'arte di noti artisti vissuti a cavallo tra il 500 e 600 tra i quali ricordiamo Panfilo Nuvolone, Camillo Procaccino e dei fratelli Della Rovere detti i Fiamminghi. Nei due bracci del transetto, diviso in quattro corpi distinti, vi è l'Organo Tamburini a quattro tastiere e pedaliera, costruito nel 1957 e restaurato nel 2003, la cui consolle è collocata al fianco dell' altare maggiore.