Il documentario porta lo spettatore in un mondo in miniatura unico e inesplorato, immergendolo nella vita ricca di azione degli animali più piccoli, che popolano sei dei paesaggi più iconici del pianeta: le aperte pianure della savana africana, il deserto dell'Arizona, le foreste del Borneo, i boschi del Nord America e le giungle urbane di Rio e Tokyo. Narrato dall'attore Stephen Fry nella versione originale, Hidden Kingdoms 3D utilizza un approccio innovativo e impiega una gamma unica di tecniche di narrazione e di ripresa per ricreare le prospettive proprie di questi animali: dal punto di vista di questi piccoli eroi ogni cosa sembra gigante.
Grazie all'esperienza immersiva e realistica del 3D applicato alla macroscopia, allo spettatore sembrerà di camminare tra fili d'erba nella giungla più fitta, durante la sessione di caccia di una lucertola, come in una visita a Jurassic Park. Per creare questo punto di vista unico e illustrare le notevoli capacità e strategie di queste minuscole creature, Hidden Kingdoms 3D implementa la tecnologia "blue screen" con fotocamere "ultra high-screen", e include alcune scene in slow motion a 1.500 fotogrammi al secondo a dir poco spettacolari.
Per descrivere il documentario, il produttore esecutivo, Mike Gunton, ha dichiarato:
«Le persone non hanno mai davvero cercato di filmare in questo regno, perché è molto difficile. Abbiamo pensato: perché non guardare a questo mondo come se stessimo filmando un grosso animale, nel modo in cui ci piacerebbe filmare un leone o un elefante? Una volta che si entra in questa mentalità ci si rende conto che questi animali sono in realtà più emozionanti, più intriganti e più drammatici rispetto ai grandi animali».