Gli agenti della divisione anticrimine della questura di Trapani e finanzieri del nucleo di polizia tributaria gli hanno così sequestrato beni per 25 milioni di euro Arrestato nel 1997 dalla Mobile per associazione mafiosa, Mazzara secondo gli inquirenti avrebbe coperto la latitanza del capomafia latitante Matteo Messina Denaro trovandogli nascondigli sicuri e luoghi da usare per i summit.
Tra i beni sequestrati 99 immobili - tra i quali terreni per 150 ettari e alberghi -, 8 auto, tra cui due Suv , 17 automezzi agricoli, 86 tra conti correnti e rapporti bancari e 3 società: la Asa Srl Azienda Siciliana Alberghiera, che opera nel settore della ristorazione; la Nicosia Francesco & Vincenzo s.n.c., impresa edile, e la Villa Esmeralda di Di Salvo Piacentino Giuseppa & C. s.n.c. che fa assistenza residenziale per anziani. Il provvedimento prevede, inoltre, l'amministrazione controllata della Antopia di Agosta Antonella & C. Sas società per l'acquisto la valorizzazione e l'utilizzazione di terreni, aree e fabbricati destinati ad uso agricolo, industriale e turistico alberghiero.
Ad accusare Mazzara ci sono anche alcuni collaboratori di giustizia come Francesco Milazzo, ex killer della cosca mafiosa di Paceco, Vincenzo Sinacori, ex capo del mandamento di Mazara del Vallo, e Vincenzo Ferro. I pentiti lo descrivono come un fedelissimo dei boss Vincenzo Virga e Filippo Coppola e parlano del suo ruolo nella copertura della latitanza del padrino latitante Matteo Messina Denaro. Mazzara ha patteggiato la pena in un processo per favoreggiamento.
Ma i magistrati della Dda sono convinti che dopo la condanna Mazzara, avrebbe invece rafforzato il suo ruolo in Cosa nostra con speculazioni immobiliari. In particolare avrebbe costruito alberghi a San Vito Lo Capo, Castelluzzo e Macari ma realizzato anche immobili tra Paceco e Trapani, opifici per l'ammasso di cereali e olio, diventando «l'Ispiratore occulto di diverse iniziative imprenditoriali», come sostengono gli inquirenti.