Stagione 1 La dottoressa Dana Scully riceve l'incarico di collaborare con Fox Mulder, agente specializzato in indagini legate al paranormale, e di stilare dei rapporti sul suo operato da consegnare, segretamente, ai suoi superiori. Nel corso di queste prime indagini insieme, Scully scopre che Mulder è ossessionato dagli UFO perché questi avrebbero rapito sua sorella, mentre lui, grazie ad un agente governativo soprannominato Gola Profonda, inizia a scoprire i primi indizi sul vero rapporto tra gli extraterrestri e il governo americano.
Gli episodi fondamentali:
- Al di la del tempo e dello spazio (1x01)
- Il prototipo (1x02)
- Ricomparsa (1x04)
- Caccia all'alieno (1x10)
- Ospiti interplanetari (1x17)
- Nuove creature (1x24)
La prima stagione di X-Files si caratterizza per un clima misterioso e sospeso, con i celebri anti-finali di X-Files: casi privi di una soluzione apparente. A fianco agli episodi mitologici, troviamo gli episodi dei "mostri della settimana" che riguardano pericolosi seriali killer mutanti. Emblematico è il caso di Eugene Tooms - un serial killer che può strisciare nei posti più stretti ed impensabili per raggiungere le proprie vittime, a cui estrae il fegato per rigenerarsi e che nella prima stagione compare per ben due volte (Omicidi del terzo tipo; Creatura diabolica).
Altri episodi da "mostri della settimana" sono Bruciati vivi - incentrato su un uomo in grado di bruciare ogni cosa col proprio corpo - e Morte apparente - su un killer che proviene dal passato di Mulder, sfuggito alla morte e miracolosamente ringiovanito. Un'altra tipologia di episodi è costituita da avventure che Mulder e Scully trascorrono in un ambiente naturale, temporaneamente isolati a causa di forze maggiori insieme ad un piccolo gruppo di persone, tra cui rapidamente si diffonde il panico, la paranoia e l'istinto di sopravvivenza. Episodi di questo tipo sono Morte tra i ghiacci - in cui i due agenti dell'Fbi prendono parte ad una spedizione su una base scientifica tra i ghiacci, colpita da un terribile virus - e Morte nell'oscurità- dove Mulder e Scully sono isolati in una foresta tra alberi abitati da insetti mortali.
La "mitologia" di X-Files non è ancora delineata dettagliatamente nella prima stagione. I riferimenti agli alieni appaiono implicitamente, tra sabotaggi spaziali (Sabotaggio alieno) e comunità extraterrestri che vivono tra i cerchi nel grano (Passione omicida). Altrettanto impliciti sono le allusioni alle cospirazioni del governo, tra i voli degli Ufo (Il prototipo; Caccia all'alieno), programmi segreti del governo (Esperimenti genetici) ed esperimenti sull'alta tecnologia (Macchina mortale).
L'uomo che fuma appare emblematicamente solo nel primo e nell'ultimo episodio e gli episodi mitologici appaiono slegati tra di loro, uniti unicamente dalla presenza di Gola Profonda (Deep Throat), il primo informatore di Mulder. Gola Profonda dapprima suggerisce al suo protetto l'esistenza di una base militare segreta (Il prototipo), poi interviene in difesa di Mulder (Caccia all'alieno), per tradire in seguito la sua fiducia (Ospiti interplanetari), sacrificandosi infine per salvare la vita dell'agente (Nuove creature). Ma è proprio l'assenza di una trama continuativa a costituire il pregio della prima stagione di X-Files: tutti gli episodi terminano come incompiuti, lasciando lo spettatore nel dubbio e nell'inquietudine assoluta.
Un altro tema importante che emerge nella prima stagione e che verrà in seguito sviluppato è quello dei rapimenti alieni. Il primo X-file a cui Mulder e Scully devono indagare riguarda proprio il rapimento di alcuni giovani innocenti (Al di là del tempo e dello spazio). In Ricomparsa viene introdotto il tema della scomparsa della sorella di Mulder, mentre il rapito Max Fenig, protagonista di Caccia all'alieno, ritornerà nella quarta stagione.
Da notare, infine, i vari episodi sul paranormale - come i fantasmi di Come un'ombra e Reincarnazione, la schizofrenia di Ritorno dall'al di là e di Contatti, che mettono a dura prova le credenze scientifiche di Scully - quelli sul religioso-soprannaturale (Poteri miracolosi) e quelli antropologici, in cui creature che si credevano inesistenti od estinte tornano a vivere e a minacciare l'uomo (Il diavolo del Jersey; Metamorfosi)
Stagione 2
Dopo la chiusura della sezione dedicata agli X-Files, Mulder e Scully hanno ricevuto nuovi incarichi. Il vicedirettore Skinner decide però di ridare a Mulder il suo vecchio lavoro in seguito alla scomparsa di Scully (presumibilmente rapita dagli alieni) e l'entrata in scena di Alex Krycek, un alleato dell' Uomo che fuma e quindi coinvolto nel complotto governativo. Scully riappare dopo tre mesi, senza alcun ricordo dell'accaduto, e i due agenti incontrano anche per la prima volta un cacciatore di taglie alieno, capace di assumere l'aspetto di chiunque. Si scopre inoltre che il padre di Mulder è in qualche modo implicato nella cospirazione.
Gli episodi fondamentali:
- Omini verdi (2x01)
- Ostaggi (2x05)
- Lo scambio (2x06)
- L'ultimo respiro (2x08)
- DNA sconosciuto (2x10)
- L'invasione dei cloni (2x16)
- L'ultimo alieno (2x17)
- Il file da non aprire 1 (2x25)
La seconda stagione si apre con il primo incontro di Mulder con gli alieni in Uomini verdi. Dopo la chiusura degli X-Files al termine della prima stagione Mulder prosegue in modo autonomo la sua ricerca della verità. L'agente è molto disilluso, ma viene sorretto dall'appoggio morale e dalle autopsie di Scully. Proprio Scully entrerà in contatto con gli extraterrestri in maniera violenta e del tutto inaspettata (Ostaggi, Lo scambio). Scully infatti viene rapita dall'ex agente dell'Fbi Duane Barry che la consegna a degli ignoti (alieni o il governo-ombra). Il rapimento di Scully è l'evento centrale della seconda stagione, ma anche di tutta la vicenda di X-files, poiché Scully ricompare dopo poco tempo in L'ultimo respiro, sana e salva ma coi segni di terribili esperimenti biologici che metteranno a repentaglio la sua salute. Con il rapimento di Scully le vicende che riguardano gli extraterrestri riguardano sempre più intimamente i protagonisti di X-Files, i quali vengono coinvolti anche fisicamente nella cospirazione ordita dall'Uomo che fuma, che a partire dalla seconda stagione è una presenza pressoché fissa e si profila come il principale avversario di Mulder e Scully. Anche Mulder viene colpito da alcune rivelazioni che lo riguardano molto da vicino. Dapprima nel doppio episodio L'invasione dei cloni - L'ultimo alieno egli incontra finalmente la sorella Samantha Mulder, per poi scoprire che si tratta solamente di un clone alieno inserito in un processo di colonizzazione. In seguito nell'ultimo episodio Anasazi scopre che il padre Bill Mulder in passato aveva fatto parte del Consorzio, l'organizzazione segreta per cui lavora l'Uomo che fuma, il quale fa uccidere il padre di Mulder dalla spia Alex Krycek. Dopo il rapimento di Scully gli X-Files vengono riaperti. Malgrado gli avvenimenti inspiegabili che le sono capitati Scully mantiene intatta la propria fiducia negli strumenti della scienza, che in più di un'occasione salveranno la vita di Mulder (Calma irreale; L'ultimo alieno). Anche la seconda stagione può così proporre il fortunato binomio tra ragione e soprannaturale, tra scienza e fede, che aveva costituito il successo della prima stagione. Vengono così riproposti i classici episodi sul "mostro della settimana" (L'ospite in corpo; Il gene del male; Insospettabile) e le pericolose "trasferte" di Mulder e Scully (Dentro il vulcano; Calma irreale). Una novità è costituita dagli episodi sul satanismo e sulla magia nera (Giochi di sangue; La pelle del diavolo; Misteri voodoo; Il gemello dannato), mentre Strane ferite mostra l'aspetto più ironico e divertente di X-files. La presenza dell'Uomo che fuma e del Consorzio genera parecchi episodi basati su ipotesi di complotti orditi dallo stesso governo. Gli episodi che riguardano i messaggi subliminali (Fobie assassine) e gli esperimenti condotti sui militari (Insonnia), sui carcerati (L'insetto assassino), sugli scienziati (Luci diffuse) e sull'alimentazione (La nostra città) lasciano lo spettatore nella paranoia e nel sospetto. La seconda stagione introduce una serie di nuovi personaggi di fondamentale importanza: il vice-direttore Walter Skinner, l'agente deviato Alex Krycek, il nuovo informatore Mr. X, i genitori di Mulder, Bill e Teena Mulder ed il Cacciatore di taglie alieno, mentre la presenza sempre più assidua dei Pistoleri Solitari (Lone Gunmen), comparsi una sola volta la stagione precedente, porta allo show quel tocco di umorismo che mancava nella prima stagione.
Stagione 3
Mulder e Scully indagano separatamente sulla possibile esistenza di ibridi (umani-alieni), legati all'Operazione Paperclip (il reclutamento di scienziati tedeschi nel 1945) ed entrano in contatto con vari membri del Sindacato, l'organizzazione che cerca di tenere nascosta la verità sugli extraterrestri. Tra questi c'è il redivivo Alex Krycek, infettato da una sostanza oleosa. Mentre Mulder prova a rintracciare il suo vecchio nemico, Scully indaga sulla morte della sorella Melissa, uccisa da un killer del Sindacato che l'aveva scambiata per Dana.
Gli episodi fondamentali:
- Il file da non aprire 2 (3x01)
- Il file da non aprire 3 (3x02)
- Autopsia di un alieno 1 (3x09)
- Autopsia di un alieno 2 (3x10)
- L'ufo degli abissi 1 (3x15)
- L'ufo degli abissi 2 (3x16)
- Messaggi occulti (3x23)
- Masterplan 1 (3x24)
La seconda stagione si era chiusa con l'apparente morte di Mulder ad opera dell'Uomo che fuma. Seguendo le indicazioni contenute in un file rubato dal governo - scritte nella lingua degli indiani Navajo - Mulder aveva scoperto un ufo abbattuto nascosto nel deserto dell'Arizona. Nel primo episodio della terza stagione scopriamo che Mulder è stato salvato e curato dalla tribù navajo di Albert Hosteen. In seguito ad alcune travagliate vicende, il file - che nel frattempo era stato tradotto da Hosteen - viene infine rubato da Krycek. La terza stagione propone una serie di avvincenti episodi basati sulla mitologia, vere e proprie storie di spionaggio con riferimenti storici agli esperimenti biologici dei nazisti e dai giapponesi, come i doppi episodi Il rituale - Operazione Paper Clip e Autopsia di un alieno I - Autopsia di un alieno II, dove il confine tra lo spionaggio e la fantascienza è molto labile. L'enorme archivio con la catalogazione di tutti i cittadini americani scoperto dagli agenti in Operazione Paper Clip è opera del governo oppure è stato instaurato per secondi fini? Gli scienziati nazisti e giapponesi di Autopsia di un alieno I proseguono i loro esperimenti da soli o aiutati dal governo degli Usa? La creatura nascosta sul treno in Autopsia di un alieno II è un alieno oppure un uomo vittima di crudeli esperimenti del governo? Questi sono gli interrogativi che ci lascia la terza serie, mentre Scully scopre che sua sorella Melissa Scully è stata uccisa da Krycek e che alcune donne rapite come lei hanno contratto misteriosamente il cancro. In un altro doppio episodio della terza stagione compare per la prima volta l'"olio nero", o "cancro nero", sostanza misteriosa che verrà richiamata in diversi altri episodi. Si tratta di una sostanza biologica di origine extraterrestre tramite cui gli alieni intendono propagarsi sulla terra. L'olio nero viene scoperto nel relitto di un sottomarino statunitense della seconda guerra mondiale in L'ufo degli abissi I e comincia a mietere alcuni contagi tra gli esseri umani finché non colpisce anche Krycek in L'ufo degli abissi II. Il resto della stagione si caratterizza per gli ormai classici episodi sui serial killer - come Fulmini, Liposuzione e Il persuasore - e su antiche leggende - come L'urna maledetta e Il mistero del lago. Alcuni episodi della terza stagione si distaccano dal paranormale, affrontando episodi di cronaca nera ed oscure ambientazioni. Per esempio, in La lista Mulder e Scully indagano su una serie di strani omicidi avvenuti in un carcere, Rapimenti riguarda torbidi casi di rapimenti, Estrazioni macabre è basato sul traffico di organi e in Il volto del maligno Mulder viene sedotto da alcune sculture del diavolo. Un altro tratto saliente della terza stagione si situa all'estremo opposto di questi episodi ed è l'universo inesplorato della commedia. Abbiamo così episodi di humor nero (lo strano indovino di Previsioni), di commedia brillante Il mistero del lago, di parodia (Scarafaggi) e di auto-parodia che sfocia nel vero e proprio comico (Congiunzione astrale; Dov'è la verità?). Alcuni personaggi secondari assumono sempre più rilievo. Il vice-direttore Skinner si schiera sempre più apertamente a favore di Mulder e Scully, rischiando la vita in L'ufo degli abissi I e finendo vittima di un complotto in Visite in sogno. Anche l'informatore di Mulder, Mr. X, malgrado il carattere brusco ed egoista, salva la vita a Mulder in Autopsia di un alieno II e scopre le prove della relazione segreta tra l'Uomo che fuma e la madre di Mulder, Teena Mulder in Messaggi occulti. La terza stagione si conclude con l'introduzione di un nuovo personaggio, Jeremiah Smith, un alieno che tenta di opporsi al patto con il governo degli Stati uniti ed alla colonizzazione, e con lo scontro tra lo stesso Smith ed il Cacciatore di taglie alieno in Masterplan I.
Stagione 4
X, l'informatore di Mulder dopo la morte di Gola profonda, viene ucciso su ordine del Sindacato, ma riesce a fornire al suo alleato il nome di un'altra fonte d'informazioni, Marita Covarrubias. A Scully viene diagnosticato un tumore, presumibilmente legato alle sue esperienze paranormali, e Mulder cerca di trovare un accordo con il Sindacato per salvarla, salvo poi essere dissuaso da Skinner (che se ne occupa al posto suo). Mulder si ritrova poi braccato da un killer, e deve ricorrere ad una soluzione drastica per salvarsi...
Gli episodi fondamentali:
- Masterplan 2 (4x01)
- I segreti del Fumatore (4x07)
- Tunguska 1 (4x08)
- Tunguska 2 (4x09)
- Il male oscuro (4x14)
- Tempus fugit 1 (4x17)
- Tempus fugit 2 (4x18)
- Somma zero (4x21)
- Demoni (4x23)
- Getsemani (4x24)
Con il primo episodio della quarta stagione, Masterplan II, prosegue l'avventura di Mulder e di Jeremiah Smith, inseguiti dal Cacciatore di taglie alieno. Mulder scopre uno strano villaggio abitato da alcuni cloni che mantengono delle api, per mezzo delle quali avrà inizio la colonizzazione aliena. Contemporaneamente Mr. X - che aveva tradito l'Uomo che fuma - viene assassinato. Il nuovo informatore di Mulder d'ora in poi è Marita Covarrubias, una donna che lavora presso l'ufficio del Rappresentante speciale del segretario delle Nazioni unite. I primi episodi della quarta stagione esplorano il lato horror di X-Files. I casi affrontati da Mulder e Scully riguardano serial killer che incarnano l'essenza più oscura del male - come la famiglia di violenti selvaggi di La casa dei mostri, l'assassino esperto in lobotomia di Inquietudine e la setta di pazzi religiosi di Vite precedenti - divenendo talvolta sanguinolenti - la clinica degli orrori di Sanguinarium. La mitologia prosegue invece con il doppio episodio sul cancro nero Tunguska I - Tunguska II. Grazie alla presenza della spia doppiogiochista Alex Krycek anche il governo russo entra in gioco nella corsa contro la colonizzazione aliena e la mitologia diventa sempre più appassionante. In un altro doppio episodio (Tempus fugit I - Tempus fugit II) Mulder e Scully hanno di nuovo a che fare con Max Fenig e con i voli degli Ufo. L'Uomo che fuma ruba la scena ai due agenti in I segreti del fumatore - episodio incentrato sul misterioso passato dell'antagonista di Mulder - e Skinner è il protagonista di un altro importante episodio della mitologia, Somma zero, incentrato sul contagio del virus alieno tramite le api. Lo show conferma così il suo alto livello anche grazie alla qualità dei comprimari di Mulder e Scully. Tuttavia la quarta stagione si caratterizza peculiarmente per una ricercata analisi del profilo emotivo e psicologico di Mulder e di Scully. La vita dei due agenti viene infatti sconvolta dalla notizia del cancro contratto misteriosamente da Scully (Il male oscuro), che provoca reazioni diverse nei vari personaggi di X files. Mentre Scully reagisce con sofferenza e disorientamento e Skinner è costretto a collaborare con l'Uomo che fuma per ottenere la guarigione di Scully (Somma zero), Mulder è sempre più determinato per scoprire gli autori del complotto ordito da militari ed alieni che hanno provocato la malattia della collega. Parecchi episodi della quarta stagione, pur non essendo strettamente attinenti alla mitologia, sono ad essa collegati. I serial killer di Rigenerazione e di Visioni anticipano in maniera inquietante la malattia e la morte di Scully, che ha una profonda crisi interiore dovuta al suo rapporto con Mulder in Il tatuaggio. Episodi come Cuori di carta e Demoni - incentrati sul tentativo di Mulder di recuperare il suo passato e di trovare la sorella scomparsa - mostrano invece la nevrosi e la paranoia sempre più grande in cui cade Mulder e gli atti irrazionali a cui l'agente è disposto pur di trovare la verità. La maggior parte degli episodi della quarta stagione - eccetto il divertente Anomalie genetiche - scavano nella profondità psicologica dei protagonisti mettendone a nudo le fragilità fino al sorprendente finale di Getsemani. Dopo gli avvenimenti discordanti che seguono il ritrovamento di un presunto alieno, il disilluso agente del Pentagono Micheal Kritschgau insinua negli agenti il sospetto per cui la storia degli alieni è solamente una montatura. Mulder si rende così conto che la sua determinazione per la ricerca della verità ha messo in gioco la vita della stessa Scully. Le credenze di Mulder vengono improvvisamente infrante ed il sorprendente finale aperto ci lascia presagire il suicidio dell'agente.
Stagione 5
Fintosi morto, Mulder si intrufola al Pentagono per trovare una cura per il cancro di Scully. Certe rivelazioni mettono a dura prova la sua fede nell'esistenza degli alieni, ma si ricrede quando incontra Cassandra Spender, una donna rapita più volte dagli extraterrestri e madre dell'agente federale Jeffrey Spender, il figlio dell'Uomo che fuma. I due protagonisti entrano inoltre in contatto con Gibson Praise, un ragazzino dai poteri telepatici preso di mira dal Sindacato. N.B. L'episodio Insoliti sospetti (5x03) è tecnicamente autoconclusivo, ma ne consigliamo la visione poiché contiene elementi legati in parte alla trama orizzontale.
Gli episodi fondamentali:
- Redux (5x01)
- Redux II (5x02)
- Emily 1 (5x06)
- Emily 2 (5x07)
- Il Paziente X (5x13)
- Il Rosso e il Nero (5x14)
- Cavie (5x15)
- La fine (5x20)
La quinta stagione si apre con il doppio episodio Redux I - Redux II. Mulder aveva finto il suicidio al termine della quarta stagione al fine di ingannare i cospiratori, nella speranza di trovare un miracoloso vaccino che potesse salvare Scully dalla morte. La stessa Scully trova le prove scientifiche della cospirazione governativa e denuncia il capo sezione dell'Fbi Scott Blevins in un'appassionante seduta giudiziaria. Di fronte a questi avvenimenti l'Uomo che fuma esprime un atteggiamento sorprendentemente ambiguo, aiutando Mulder e dando la possibilità a Scully di salvarsi miracolosamente. Cominciamo così a scoprire il legame di sangue che intercorre tra Mulder ed il suo nemico, dal momento che l'Uomo che fuma aveva avuto una relazione con la madre di Mulder. Scoperto dagli altri membri del Consorzio, l'Uomo che fuma è però vittima di un attentato e sembra così uscire dalla scena proprio all'inizio della quinta stagione. Senza l'avversario principale, la mitologia segna l'arrivo di due nuovi personaggi, il permaloso ed incredulo agente dell'Fbi Jeffrey Spender e sua madre Cassandra Spender. La donna sostiene di avere contatti frequenti con gli alieni e crede che essi vogliano salvare la terra, mentre una fazione di alieni ribelli intende rompere i piani della colonizzazione, andando contro lo stesso Consorzio ed eliminando fisicamente tutte le persone che furono rapite ai fini del progetto (La paziente X; Il rosso e il nero). Di fronte a questi avvenimenti l'atteggiamento di Mulder è diametralmente opposto rispetto a quello tenuto nelle prime stagioni. In seguito alla malattia di Scully ed all'incontro con Micheal Kritschgau Mulder è più che mai convinto di essere stato per anni solamente una pedina per i piani dell'Uomo che fuma. Emblematico è l'incontro con Cassandra Spender in La paziente X: per la prima volta nella storia di X-Files Mulder si rivela scettico. Inversamente, dopo l'esperienza della malattia, Scully è disposta a credere a Cassandra Spender e si sottopone persino ad una seduta di ipnosi regressiva in Il rosso e il nero. Pur mantenendo intatta la fede nella scienza, Scully rivela anche un lato spirituale, che scopriamo nel doppio episodio Emily I - Emily II, dove Scully scopre che una bambina, Emily, ha il suo stesso DNA. Anche Emily al pari di Scully è stata oggetto di esperimenti biologici e l'agente dell'FBI tenterà disperatamente di salvare la bambina dalla morte, ma invano. Il lato religioso di Scully emerge anche nell'episodio Angeli caduti, dove i due agenti affronteranno un angelo serafino. A fianco ad alcuni episodi horror (Schizofrenia; Chinga; Follia a due), tecnologici (Intelligenza artificiale), al ritorno del killer esperto in ipnosi apparso nella terza stagione (L'ideogramma Kitsunegari), ed al complotto di Il contagio, ritroviamo alcuni episodi più comici come la parodia di Frankenstein in Prometeo post-moderno e quella dei vampiri in Vampiri. Da notare anche due episodi che raccontano storie del passato, dove Mulder e Scully non sono protagonisti: la nascita del trio dei Pistoleri Solitari in Insoliti sospetti e la storia del primo agente degli X-Files Arthur Dales in Cavie. La stagione si chiude con l'arrivo di due nuovi personaggi in La fine - l'agente Diana Flowey, ex partner di Mulder, ed il bambino-prodigio con DNA alieno Gibson Praise -, ma soprattutto con il ritorno dell'Uomo che fuma. Sopravvissuto all'attentato di Redux II, rivela a Jeffrey Spender di essere suo padre e si vendica di Mulder bruciando l'ufficio degli X files.
N.B. X-Files - Il film ha luogo tra la fine della quinta stagione e l'inizio della sesta.
Stagione 6
Mulder e Scully continuano clandestinamente le loro indagini, nel corso delle quali scoprono l'esistenza di una fazione ribelle extraterrestre che vuole distruggere ogni forma di vita sul pianeta. Il Sindacato viene quasi del tutto eliminato dai suoi presunti alleati extraterrestri, mentre Alex Krycek, che adesso lavora in proprio, ricatta Skinner. Quando Mulder entra in contatto con un oggetto alieno, comincia a soffrire di forti mal di testa e acquisisce capacità telepatiche. Per aiutarlo, Scully si reca in Africa, dove l'aspetta una scoperta sbalorditiva... N.B. Alcune fonti considerano gli episodi Area 51 I (6x04) e Area 51 II (6x05) legati alla mitologia, ma gli autori della serie ritengono che siano autoconclusivi, pertanto non li abbiamo inclusi nell'elenco ufficiale.
Gli episodi fondamentali:
- Il Principio (6x01)
- S.R. 819 (6x08)
- Due padri (6x11)
- Un figlio (6x12)
- Biogenesis (6x22)
La prima metà degli episodi della sesta stagione si discosta interamente dall'abituale vicenda di X-Files. Infatti, gli X-Files sono stati assegnati a Jeffrey Spender e a Diana Flowley; Mulder e Scully sono invece dei normali agenti dell'FBI sotto la guida del co-direttore Alvin Kersh. Anche la seconda stagione era iniziata con i due agenti estromessi dalla sezione degli X files, ma gli episodi della sesta stagione si caratterizzano subito per un clima differente, esplorando maggiormente la dimensione del fantastico rispetto a quella della fantascienza, dello humor rispetto all'horror. Con gli X files in stand-by, le storie prendono spunto da iniziative personali di Mulder, continuamente rimproverato da Kersh per il suo atteggiamento negligente e disobbediente. Sarà Mulder a convincere Scully ad entrare nella casa dei fantasmi di Fantasmi, a rubare il caso di Spender in Ecografie e ad avventurarsi nella zona del Triangolo delle Bermuda in Triangolo. Si tratta quasi sempre di avventure divertenti, dove la paura ci colpisce poco. Anche quando gli agenti hanno a che fare con dei classici della fantascienza, come il Triangolo delle Bermuda e l'area 51 nel doppio episodio Area 51 I - Area 51 II le storie privilegiano l'aspetto onirico dello sdoppiamento della realtà rispetto a quello propriamente horror e fantascientifico. Eccetto La corsa (un episodio "classico", incentrato sugli esperimenti segreti dei militari e sulle loro conseguenze su civili innocenti) e Ecografie (classico episodio sul satanismo), i primi episodi si contraddistinguono per un tono leggero e gradevole, fino alla commedia romantica Il re della pioggia. Anche dopo la riassegnazione di Mulder e Scully agli X files, a metà stagione, le storie sono per lo più declinate sul fantasy - come i surreali deja vu di Lunedì, le realtà allucinogene di Allucinazioni - oppure sulla commedia - come la storia dell'alieno amante del baseball in L'innaturale. Molti episodi, pur affrontando temi classici come quelli dei serial killer, evidenziano il rapporto sentimentale tra Mulder e Scully, come la convivenza forzata dei due agenti nell'indagine su una mostruosa creatura in Arcadia, l'attrazione di Scully per un enigmatico scrittore creatore di incubi in Milagro e l'amore platonico tra Mulder ed una studiosa di animali nella storia sul lupo mannaro di Alpha. Gli episodi della "mitologia" nella sesta stagione sono pochi. Dopo l'ipotesi sulla discendenza aliena degli uomini nel primo episodio (Il principio) ed il crudele ricatto di Krycek che minaccia la vita di Skinner con delle nanotecnologie in S.R.819, il doppio episodio Due padri - Un figlio costituisce una sorta di summa dell'intera storia di X-Files ed un riassunto della grande cospirazione ordita dal governo. Assistiamo così ad una serie di importantissime rivelazioni sugli eventi che hanno portato al rapimento di Samantha Mulder, sul ruolo svolto dal padre di Mulder nella cospirazione e sul problematico rapporto paterno dell'Uomo che fuma con il figlio Jeffrey Spender ed il figliastro Mulder. Mentre scopriamo che l'agente Flowley è in combutta con l'Uomo che fuma e che anche Marita Covarrubias è stata oggetto di esperimenti con il cancro nero, gli eventi che riguardano la rivolta degli alieni ribelli degenerano fino alla strage di tutti i membri del Consorzio e all'eliminazione del primo ibrido alieno Cassandra Spender. L'Uomo che fuma e Krycek riescono però a salvarsi; la spia russa comincia a lavorare da solo e rivela a Jeffrey Spender le reali intenzioni malvagie dell'Uomo che fuma. Spender decide di ribellarsi al padre e come conseguenza di ciò l'Uomo che fuma spara a suo figlio. In seguito a questi avvenimenti gli X files vengono riassegnati a Mulder e Scully, nuovamente sotto la guida del vice direttore Skinner. Con la fine del Consorzio ed il fallimento del piano di colonizzazione l'epopea della mitologia sembra così giunta al termine, ma il ritrovamento di una navicella spaziale che contiene dei segni misteriosi nell'ultimo episodio Biogenesis riapre nuovamente la saga.
Stagione 7 Scully scopre i resti di un'astronave sepolta in Africa, e con essa indizi che suggeriscono un'origine aliena della razza umana. Tornata in America, deve salvare Mulder dall'Uomo che fuma, e insieme i due scoprono finalmente la verità sulla scomparsa di Samantha, la sorella di Fox. Mentre l'Uomo che fuma cerca di ricostituire il Sindacato insieme a Krycek e Covarrubias, i due agenti si recano nell'Oregon, dove ebbe luogo la loro prima indagine. Mulder scompare, e Scully deve tornare a Washington con una notizia personale di non poco conto...
Gli episodi fondamentali:
- La sesta estinzione (7x01)
- La sesta estinzione: Parte 2 (7x02)
- L'esistenza del tempo: Parte 1 (7x10)
- L'esistenza del tempo: Parte 2 (7x11)
- Un amico (7x15)
- Requiem (7x22)
Scully va in Africa per avere maggiori informazioni sulla nascita della vita sulla Terra, che sembra essere stata popolata da alieni. Le cose non vanno per il meglio, accadono fatti inspiegabili e Scully è costretta a tornare a Washington. Nel frattempo Mulder è ricoverato in ospedale e non ha più la capacità di comunicare a causa di sedativi. L'ultimo episodio della trilogia termina con Mulder, ormai anziano, che sta per morire, mentre il fumatore si affaccia dalla finestra dell'ospedale e vede un mondo del futuro: fuoco, fiamme e fumi. Il quarto episodio della stagione sposta la narrazione dal 30 dicembre 1999, fino al capodanno del 2000, con l'episodio Millennium. Nell'episodio spicca in particolare l'uomo che fa tornare in vita i defunti. L'episodio termina con i festeggiamenti del capodanno del millennio e Mulder e Scully che si baciano. La Settima stagione di X-Files, infatti, è molto incentrata sulla storia tra Mulder e Scully. L'episodio L'esistenza del tempo parte 1 si apre con la sparizione di una bambina, Skinner spiega a Mulder che non si tratta di x-files e di lasciar perdere: ma questo non avviene poiché il rapimento sembra essere strettamente legato con quello accaduto alla sorella del nostro agente dell'FBI. La lettera lasciata dal presunto rapitore porta la scritta in basso Nessuno spara a Babbo Natale; Fox confronta la scritta con quella di un vecchio caso di rapimento e si reca in prigione per maggiori informazioni. Muore la madre di Mulder e questo complica nettamente le cose: lei aveva lasciato un messaggio a Fox, dicendo che aveva delle cose da rivelargli. La madre della bambina rapita la vede come fantasma: gli agenti Mulder e Scully riescono a trovare Babbo Natale, cioè l'uomo che ha rapito tutti i bambini: ma tra i cadaveri sotterrati nessuna traccia di Samantha. Nell'episodio L'esistenza del tempo parte 2 si scoprono parecchie vicende che avrebbero caratterizzato la vita di Samantha, come per esempio il luogo dove avrebbe vissuto per circa sei anni della sua vita: il fratello trova sul posto il suo diario scritto all'età di 14 anni e legge parecchie frasi di depressione della piccola e il suo tentativo di fuga. Subito dopo Mulder e Scully riescono a trovare l'ospedale dove era stata ricoverata. Nella penultima scena dell'episodio Scully si reca dall'infermiera che l'aveva curata: "La ragazza era impaurita, poi a un certo punto si è addormentata e l'ho rivista davanti a me con una luce particolare, sembrava quasi un fantasma, poi è sparita". Scena finale: Mulder si reca in un giardino accompagnato da un bambino e rincontra sua sorella che è ancora una bambina e l'abbraccia per l'ultima volta. I due agenti dell'FBI suppongono che questi bambini rapiti siano le stelle che illuminano il nostro Universo. Nell'ultimo episodio della stagione, Requiem, i due agenti si occupano di un vecchio caso accaduto ai tempi della prima stagione, legato a Billy Miles. L'episodio porta Mulder e Scully ad occuparsi di nuovo di alieni. Nell'episodio muore L'uomo che fuma, Scully scopre di essere incinta e Mulder, attratto dalla luce bianca prodotta dall'UFO, viene rapito dagli alieni, il vicedirettore Skinner è testimone del rapimento del collega.
Stagione 8 Scully, misteriosamente incinta, indaga sulla scomparsa di Mulder, rapito dal cacciatore di taglie alieno, insieme all'agente John Doggett, che diventa il suo nuovo partner per alcuni casi. Mulder viene ritrovato morto, ma risorge senza alcuna spiegazione plausibile. Mentre lui e Scully cercano di tenere salvo il bambino di lei, che nascerà nel finale di stagione, emerge un nuovo dettaglio legato al complotto governativo: l'esistenza di "super soldati", ibridi indistruttibili che hanno effettivamente sostituito il Sindacato, dopo la morte apparente del Fumatore. Tra questi c'è Knowle Rohrer, un vecchio compagno d'armi di Doggett.
Gli episodi fondamentali:
- Arrivare (8x01)
- Partire (8x02)
- Il regalo (8x11)
- Per Manum (8x13)
- Questo non accade (8x14)
- Sopravvissuti (8x15)
- Tre parole (8x16)
- Essere (8x20)
- Esistere (8x21)
Nell'Ottava stagione di X-Files ci sono molte novità, come ad esempio la sigla che viene restaurata, nella quale viene aggiunto un personaggio, Robert Patrick, nei panni di John Doggett. I primi due episodi della stagione si concentrano sulla ricerca dell'agente Fox Mulder che è stato rapito dagli alieni; Scully sogna il collega mentre viene torturato. Viene anche smantellato l'ufficio di Mulder; Scully conosce Doggett, che è il suo nuovo collaboratore, ma non sembra esserne molto felice e si sente sola. Nel palazzo dove vive Scully viene avvistato Mulder dall'amministratore del condominio. Tutti, ad esclusione di Doggett, sono convinti del rapimento di Mulder da parte degli alieni: quindi viene supposto che per trovare Fox bisogna pensare a chi potrebbe essere la prossima vittima degli alieni: Gibson Praise, il bambino prodigio, giocatore di scacchi, che possiede capacità aliene. Gibson si trova in una piccola cittadina del deserto dell'Arizona; Doggett viene a contatto con Mulder che rapisce il bambino, ma non è Mulder, è solo un clone. Scully, ormai, non sa più di chi fidarsi, assieme al collega John, Dana riuscirà a salvare il ragazzo e instaurare un rapporto con il nuovo collega; Nell'ultima scena del secondo episodio, si vede Mulder che è sottoposto a vari test, come quelli su Scully, e circondato da vari personaggi incontrati nelle stagioni passate, come ad esempio il Cacciatore di taglie alieno. Successivi a questi due, troviamo una decina di episodi che si concentrano su una specie di benvenuto nel cast a Doggett: infatti i primi casi ne rafforzano il personaggio, e appare essere molto utile, anche per salvare la vita alla collega Scully. Il personaggio di Mulder è assente nella stagione, anche se compare come ricordo in alcuni episodi, oltre ai primi due. Nel secondo di questi casi viene spiegato il motivo per il quale Scully rimane incinta; ma sembra che il bambino sia alieno, anche se il donatore rimane essere Fox. Si viene a sapere che molte persone rapite dagli alieni tornano sulla terra in fin di vita, e vengono curate dal guaritore, ma questa persona viene rapita e Mulder, dopo essere stato rilasciato, muore senza guarigione miracolosa. Successivamente al funerale, Billy Miles, che era nelle condizioni di Mulder, torna in vita miracolosamente. Skinner e Doggett, allora, decidono di riesumare il cadavere e, come previsto, Mulder ritorna alla vita di tutti i giorni, solo che viene licenziato dall'FBI. Continua, invece, a occuparsene, in segreto, assieme all'agente Doggett. Negli ultimi due episodi della ottava stagione di X-Files ritorna Billy Miles, ma questa volta è per spaventare e uccidere gli agenti dell'FBI. Scully ha terminato il periodo di gravidanza previsto, ma non ha ancora partorito. Mulder scopre di più sul bambino che avrà Scully: sarà un bambino speciale capace di sconfiggere gli alieni. Scully e Reyes (l'agente amica di Mulder) fuggono in Georgia, per sfuggire a Billy Miles che è immortale. Dopo tanto terrore, tutto va per il meglio e l'ultima scena della stagione riguarda Mulder e Scully felici con il bambino in braccio che si baciano, capendo di essersi sempre amati.
Stagione 9
Mulder scompare nuovamente, questa volta per scelta. Scully continua a lavorare per l'FBI in quanto insegnante all'Accademia, mentre Doggett si occupa degli X-Files insieme a Monica Reyes. William, il figlio di Scully, viene preso di mira da diverse persone, e successivamente dato in adozione per tenerlo al sicuro. Mulder viene accusato di un omicidio che non ha commesso e rischia la pena capitale, nonostante le testimonianze in suo favore da parte di colleghi ed amici. Fuggito dal carcere insieme a Scully, si reca in un luogo misterioso dove scoprirà finalmente la verità sugli alieni...
Gli episodi fondamentali:
- Niente da segnalare: Parte 1 (9x01)
- Niente da segnalare: Parte 2 (9x02)
- Trust No 1 (9x06)
- Provenance (9x09)
- Providence (9x10)
- William (9x16)
- La verità (9x19)
Mulder esce di scena: Doggett lo cerca nel suo appartamento, ma non c'è più niente; solo Scully sa dove è scappato. Doggett e Reyes indagano insieme ad un nuovo caso, dove come protagonista c'è una donna che porta nell'acqua gli uomini e li uccide annegandoli: Doggett è una sua vittima. Scully, invece, è alle prese con il figlio, che ha poteri sovrannaturali. A differenza delle altre stagioni, spesso nella nona gli agenti dell'FBI sono i protagonisti degli X-Files. Come ad esempio nell'episodio 4-D, dove Reyes viene accusata di aver tentato di uccidere Doggett; oppure nell'episodio John Doe, nel quale il protagonista è proprio Doggett, che si è sperduto in Messico e non ricorda più niente della sua vita; o, anche, l'episodio Relazioni indefinite, che riguarda la vita precedente dell'agente Reyes. Nell'episodio Provenance inizia un altro doppio episodio, che ha come protagonista il bambino di Scully, che si è sempre creduto alieno. Un uomo riesce a sopravvivere ad un inseguimento; alcuni agenti dell'FBI si recano da Scully per rapire il bambino. La madre di Dana le porge la pistola, e uno dei due muore. Negli uffici dell'FBI, di Washington DC, sono tutti infuriati, Scully pretende delle spiegazioni: finalmente le vengono date, solo che tra le tante vi è anche l'annuncio della morte di Fox Mulder. William viene rapito. Nell'episodio successivo, si viene a sapere che Mulder è ancora vivo, ma per riavere il bambino indietro, Scully dovrà consegnare "la testa" dell'amico al rapitore. Ciò non accadrà e Scully ritroverà il bambino dove, fino a poco prima, sostava un'astronave. Negli ultimi episodi succedono altri importantissimi fatti. Nell'episodio Modifica Genetica i tre "Pistoleri Solitari" salvano la città da uno strano liquido alieno, e Scully li ricorda come eroi. Nell'episodio "William" compare una persona sfigurata nell'ufficio X-Files; il test del DNA conferma che si tratta di Mulder, anche se Scully non riesce a crederci. L'uomo riesce a far diventare il piccolo William un umano "normale". Subito dopo si scopre che in realtà l'uomo è il fratellastro di Mulder, Geoffrey Spender. Il bambino di Scully viene affidato ad un'altra famiglia, per proteggerlo da probabili esperimenti futuri da parte dei cospiratori.
Il finale Skinner e Scully vengono a sapere che Mulder è detenuto in una prigione di massima sicurezza per l'omicidio di un militare che non può essere ucciso: Knowle Rohrer (Adam Baldwin), che infatti è un "super-soldato" ed ex informatore di Doggett. Mulder evade dalla prigione con l'aiuto di Skinner, Reyes, Doggett, Scully e Alvin Kersh, dopo aver subito un processo sommario che lo aveva condannato a morte. Mulder e Scully si mettono in viaggio per il Nuovo Messico, in un pueblo nascosto tra rocce di Magnetite. Dentro troveranno l'Uomo che fuma, che rivela anche a Scully la verità suprema e finale, e cioè che gli Alieni invaderanno la Terra il 22 dicembre 2012, senza che nessuno possa opporsi. Due elicotteri distruggono il pueblo, uccidendo l'Uomo che fuma, convinti che dentro ci siano anche Scully e Mulder. Questi invece sono fuggiti a Roswell, in un motel simile a quello dove andarono per il loro primo X-File. Le loro ultime parole sono un bilancio di quasi 10 anni di indagini sul paranormale, sul governo ombra, sulle forme di vita extraterrestri ed il complotto alieno. Mulder si sente sconfitto perché non è riuscito a far emergere quella tanto sospirata verità e non è riuscito a divulgarla a tutto il mondo. Però una piccola grande vittoria l'ha ottenuta e cioè quella di aprire gli occhi di Scully, che è sempre stata scettica sulle questioni di cui ora conosce la più intima e sconvolgente verità: per questo allora l'ultima frase di Mulder prima del buio è "Si può ancora sperare".