La notizia avrebbe avuto sicuramente un impatto maggiore se si fosse trattato della fragola coltivata, quella che tutti conosciamo e apprezziamo. Purtroppo, il caso vuole che questa pianta dal frutto delizioso abbia un genoma estremamente complesso: si tratta infatti di un organismo ottaploide, che possiede cioè 8 copie per ognuno dei suoi cromosomi. E’ stato molto più semplice, e ad ogni modo utile, sequenziare il genoma della Fragaria vesca, cioè la fragola selvatica o fragolina di bosco. Il suo genoma è molto più semplice: è una specie diploide (come l’uomo) che ha soltanto 14 (7×2) cromosomi. Il codice genetico di questa pianta è inoltre di piccole dimensioni, appena 206 milioni di paia di basi: nella classifica dei genomi più piccoli è al secondo posto dietro la specie modello Arabidopsis thaliana (157 milioni di paia di basi).
Tra i 71 autori del lavoro appena pubblicato su Nature Genetics ci sono anche tre ricercatori dell’Istituto Agrario di San Michele all’Adige, che conquista nuovamente le pagine della prestigiosa rivista dopo averci pubblicato pochi mesi fa il genoma del melo. Il genoma della fragola di bosco è stato sequenziato con tecnologie di seconda generazione, utilizzando un mix di Illumina, 454 e SOLiD: è un fatto importante che va sottolineato, perché queste tecniche producono frammenti di sequenza molto corti, e quindi più complessi da assemblare rispetto ai metodi di sequenziamento di prima generazione come il Sanger. Ad ogni modo, teniamo sempre presente che il genoma della fragola di bosco possiede l’indiscutibile vantaggio di essere estremamente piccolo, una caratteristica molto apprezzata dai bioinformatici che hanno messo insieme tutti i pezzi del puzzle: molte piante importanti per l’agricoltura, purtroppo, hanno genomi enormi e infinitamente più complessi.
Dalle analisi bioinformatiche, risulta che la fragola di bosco possiede quasi 35000 geni, un po’ meno del riso (40mila) ma più del mais (32mila). Sono stati identificati geni legati al sapore, al valore nutrizionale e al tempo di fioritura: saranno utili per i programmi di miglioramento genetico, magari applicati alla fragola coltivata. La fragola di bosco appartiene alle Rosaceae, una famiglia che comprende anche alberi da frutto economicamente molto importanti come il melo e il pesco. I ricercatori sono fiduciosi che studi di genomica comparativa tra queste piante permetteranno di scoprire informazioni utili per il miglioramento dell’intera famiglia, attraverso l’individuazione di geni importanti anche per quelle specie con un genoma più complicato da analizzare.
Shulaev, V., Sargent, D., Crowhurst, R., Mockler, T., Folkerts, O., Delcher, A., Jaiswal, P., Mockaitis, K., Liston, A., Mane, S., Burns, P., Davis, T., Slovin, J., Bassil, N., Hellens, R., Evans, C., Harkins, T., Kodira, C., Desany, B., Crasta, O., Jensen, R., Allan, A., Michael, T., Setubal, J., Celton, J., Rees, D., Williams, K., Holt, S., Rojas, J., Chatterjee, M., Liu, B., Silva, H., Meisel, L., Adato, A., Filichkin, S., Troggio, M., Viola, R., Ashman, T., Wang, H., Dharmawardhana, P., Elser, J., Raja, R., Priest, H., Bryant, D., Fox, S., Givan, S., Wilhelm, L., Naithani, S., Christoffels, A., Salama, D., Carter, J., Girona, E., Zdepski, A., Wang, W., Kerstetter, R., Schwab, W., Korban, S., Davik, J., Monfort, A., Denoyes-Rothan, B., Arus, P., Mittler, R., Flinn, B., Aharoni, A., Bennetzen, J., Salzberg, S., Dickerman, A., Velasco, R., Borodovsky, M., Veilleux, R., & Folta, K. (2010). The genome of woodland strawberry (Fragaria vesca) Nature Genetics DOI: 10.1038/ng.740
Altri link:
- Melo da record: mai visti tanti geni un genoma solo! (myGenomix)
- Dopo la vite e il melo, ecco il genoma della fragola (IASMA News)
- Fragaria vesca (Wikipedia)
- Woodland Strawberry Genome Published (For Real This Time) (James and the Giant Corn)
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