In diversi momenti di ogni singolo episodio, sono stati inseriti dei glifi, ovvero singoli fotogrammi rappresentanti diverse figure, generalmente una foglia, una mela, un fiore, una farfalla, una rana, un cavalluccio marino, una mano e un volto.
Tali glifi rappresentano un codice che nasconde una parola diversa per ogni episodio, che aggiunge maggiori informazioni sulla soluzione di ogni enigma.
Appaiono almeno cinque volte a schermo intero, prima dell'intermezzo pubblicitario.
A svelare la loro funzione è stato lo stesso ideatore della serie J.J. Abrams (Che, dopo aver incasinato Lost, si è comportato egregiamente con Fringe e i reboot di Star Trek)), che in un'intervista ha spiegato come facciano parte del "codice della serie".
Il cosiddetto "codice dei glifi" è stato decifrato nel mese di marzo 2009 da Julian Sanchez, editore del sito di tecnologia Ars Technica.
Ecco la traduzione dei Glifi.
I glifi occasionalmente sono apparsi anche all'interno di episodi.
Ad esempio, nel primo episodio, all'interno di un laboratorio della Massive Dynamic viene inquadrato di proposito la foglia; una farfalla aiuta Walter a risolvere un caso in Progetto Elephant, mentre in Segreti di famiglia appare un cavalluccio marino all'interno di una striscia di DNA. Inoltre, in Jacksonville, mentre Walter parla con Olivia nel luogo dove lei era stata sottoposta al Cortexiphan, tutti i glifi sono visibili sullo sfondo e in Un tulipano bianco mentre Olivia rovista fra gli effetti personali del professor Peck si intravede un cavalluccio marino.
Ogni glifo, quindi, rappresenta una parola (Mi ricorda un codice che conosco...ma di cui non conosco il nome, romano, mi pare. Comunque...) e l'unione delle lettere dei glifi di un episodio forma solo un'indizio, tuttavia, per la soluzione del caso.
Un fantastico modo di interagire con il pubblico, direi.