DNA dal suolo

Estraiamo il DNA? (Cortesia brewbooks).

In ginocchio, a raccogliere terra per studiare la biodiversità.

Fra i più recenti sequenziamenti genomici abbiamo avuto quelli del frumento e della formica, del cacao e della fragola, persino dell’Uomo di Neanderthal, senza poi dimenticare il nostro, quello di Homo sapiens, anche se ormai un po’ datato. In tutti questi casi, da cosa si è partiti per estrarre il DNA? Sicuramente da un campione biologico perfettamente integro oppure, quando ovviamente fosse stato più difficile come nel caso dei Neanderthal, da qualche reperto comunque ben definito e isolato per lo scopo. Ecco, proprio tutto quello che non è stato fatto dal biologo evolutivo Eske Willerslev, della University of Copenhagen. Dopo avere sequenziato il genoma di un antico uomo, abitante la Groenlandia circa 4 mila anni fa e il cui DNA è stato estratto dai capelli, il biologo danese ha deciso infatti di sporcarsi le mani; nel vero senso della parola.

Per studiare la biodiversità gli ecologi da sempre si preoccupano di avvicinare, toccare, insomma andare a cercare le varie specie viventi, in qualche caso purtroppo con il rischio anche di ferire gli stessi animali. Ora basta con tutto questo: infatti campioni di cute, squame, e ovviamente escrementi delle specie animali presenti in un luogo possono essere raccolti direttamente dal terreno, rappresentando una buona fonte per ricavare il DNA, dal quale poi si possono classificare in modo preciso gli abitanti di quel luogo. Questo approccio, all’apparenza forse un po’ caotico e poco tecnico, è stato presentato su Molecular Ecology. Il gruppo coordinato da Willerslev ha raccolto campioni di terreno dalle fattorie e dai parchi danesi; è stato quindi estratto il DNA e sequenziato attraverso precisi protocolli di biologia molecolare. In particolare, ricercatori si sono concentrati sul DNA mitocondriale, le cui sequenze sono state poi confrontate con quelle presenti nelle banche dati genomiche. In questo modo Willerslev è riuscito a individuare le varie specie presenti nelle aree di campionamento. Solo una giraffa, da poco introdotta in uno dei parchi attraversati, è sfuggita a questa ricerca dal suolo; invece sono state rivenute tracce di DNA appartenenti ad animali che da più di due mesi avevano abbandonato le stesse aree. Inoltre, la quantità di DNA raccolto può rappresentare una stima di quanti esemplari di una singola specie sono presenti, tenendo conto della loro taglia.

Sembra quindi che la biodiversità possa essere studiata anche in questo modo: impiegando meno tempo, facendo meno fatica, e senza il bisogno di grosse competenze zoologiche sul campo. Dopo avere raccolto campioni superficiali di suolo, si va infatti in un laboratorio di biologia molecolare; lì si estrae e sequenzia il DNA, e poi tutto il lavoro di classificazione è di tipo bioinformatico. La genetista Amy Vandergast della Geological Survey’s San Diego Field Station ha comunque qualche riserva: “Sì, certamente può funzionare per i grossi animali”, ma puntualizza “non so quanto possa essere di aiuto se ci interessano quelli piccoli, come gli insetti”. Comunque, da ora potremmo anche imbatterci in gente, un po’ impolverata, china a frugare nel terreno: ri-cercatori non di tesori, ma di DNA.

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