Jonathan è un gabbiano diverso dagli altri: il suo desiderio non è mangiare, ma imparare a volare in modo perfetto. Per questo è rimproverato dai suoi genitori ed escluso dagli altri componenti del suo stormo, lo Stormo Buonappetito, in quanto nessuno capisce la sua passione per il volo, dal momento che volare è considerato soltanto come una comodità per procurarsi il cibo. Nonostante la buona volontà di Jonathan per cercare di essere un gabbiano come tutti gli altri e di non dedicarsi più alla sua passione, il suo desiderio di trovare il volo perfetto è più forte di lui e in poco tempo riesce a compiere acrobazie incredibili, mai compiute da nessun altro volatile. Ma lo Stormo non lo accetta. Abbandonato e solo, Jonathan trascorre diversi anni ad esercitarsi nel volo finché un giorno lo raggiungono due gabbiani dalle piume candide, che si librano nell’aria con lui. Questi lo convincono a seguirli nel “Paradiso dei Gabbiani”, un luogo dove potrà volare con più facilità, e tutto quello che aveva appreso sarebbe stata una piccolissima parte del cammino verso la perfezione. Jonathan accetta, diventando anche lui bianco e splendente come i suoi nuovi compagni. Per diversi anni rimane nel Paradiso dei Gabbiani sotto la guida di Sullivan, suo maestro ed amico. È lo stesso Sullivan, insieme ad altri gabbiani, a spiegargli che quello non è il vero Paradiso, ma solo un livello transitorio, dopo il quale si passa più in alto ancora, fino a raggiungere la perfezione e che tutti, prima o poi, saliranno di piano in piano. Quando finalmente raggiunge i livelli del suo maestro, si accorge che – nonostante tutto ciò che ha imparato – il suo corpo gli è ancora d’intralcio. Così chiede al gabbiano più anziano, Ciang, di insegnargli a volare alla velocità del pensiero, a superare il “qui ed ora”, cosa che soltanto Ciang sa fare. Dopo molti tentativi, Jonathan riesce nel suo impegno, ma poche settimane dopo Ciang muore e viene portato in un Paradiso superiore. Egli lascia il posto di maestro a Jonathan: non basta allenarsi al volo perfetto, il vero scopo è arrivare a capire il segreto della bontà e dell’amore, ovvero la cosa più difficile da mettere in pratica. Rimasto senza guida, Jonathan tormentato dal desiderio di insegnare al resto dei gabbiani dello Stormo Buonappetito tutto ciò che ha appreso, confessa a Sullivan i suoi pensieri, ma questo lo convince ad aiutarlo nella sua attività di addestramento dei nuovi arrivati. Qualche tempo dopo, torna il desiderio di andare ad insegnare allo stormo Buonappetito: così saluta Sullivan e parte per ritornare al suo luogo di origine, dove trova un giovane: Fletcher Lynd, che diventa suo allievo. Il romanzo si conclude con un dialogo tra Jonathan e Flechter che fa capire al giovane gabbiano che cos’è la vera perfezione.