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Il Porto Mediceo, voluto da Cosimo I de' Medici (1519-1574), venne realizzato negli anni successivi al suo Granducato.
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Fu costruito sfruttando un'insenatura naturale quando il porto di Pisa era ormai diventato inutilizzabile a causa dell'insabbiamento.
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L'accesso al porto avviene dal ponte dell'Arsenale, che termina a fianco di una vecchia dogana nella zona dove fanno scalo i traghetti per le isole dell'arcipelago toscano.
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