Il 4 agosto 1944, le SS entrarono nell'alloggio segreto e i clandestini vennero arrestati. Qualcuno li aveva traditi e mai si scoprì chi fosse stato.Solo Otto Frank sopravvisse alla deportazione, tutti gli altri clandestini trovarono la morte nei campi di concentramento. Hermann van Pels venne ucciso nelle camere a gas, Auguste venne gettata sotto un treno durante un trasporto. Gli altri morirono di stenti e a causa delle malattie. Anne e Margot, sopravvissute ad Auschwitz, morirono a Bergen-Belsen nel marzo del 1945. Anne aveva 15 anni.
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