Tutto fila liscio finché la sua strada non incrocia quella dei Kennedy. Nel 1959 Robert e John Kennedy erano parte di una commissione che indagava sui rapporti tra i sindacati e la criminalità organizzata. I due interrogarono Marcello che più volte invocò il quinto emendamento rifiutandosi di rispondere alle domande sui suoi rapporti con la criminalità e sul suo passato. Fu in quell'occasione che Robert Kennedy pubblicamente fece presente a Marcello che sarebbe diventato obiettivo di ulteriori indagini. Nel 1961, non appena divenne Attorney General (Ministro della Giustizia), Robert Kennedy fece in modo che Carlos Marcello fosse deportato in Guatemala in condizioni che avrebbero messo a rischio la sua vita.
Ma passarono solo pochi giorni e il boss era di nuovo a New Orleans, deciso a vendicarsi. Marcello sapeva che i Kennedy volevano distruggere lui e il suo impero: si trattava di una battaglia all'ultimo sangue da condurre nella migliore tradizione di Cosa Nostra. La commissione Warren, incaricata di indagare sull'assassinio Kennedy, non riconobbe il coinvolgimento della criminalità organizzata nella vicenda e, incapace di capire la struttura e i meccanismi che regolano Cosa Nostra, sottovalutò il potere di Carlos Marcello. Il Congresso invece, è arrivato a sospettare Marcello di aver partecipato a una cospirazione volta a uccidere il Presidente degli Stati Uniti.