Il sito offre ambienti ecologici variegati che consentono l'espressione di una biodiversità molto significativa.
Nelle acque cristalline del fiume, grazie alla natura torrentizia, trovano un'abitazione ideale la trota siciliana e la trota fario.
Sul fondale si aggira la tinca. Pantalica, oltre ad essere uno straordinario sito naturalistico, riveste interesse anche dal punto di vista archeologico: nelle pareti a strapiombo sul fiume Anapo si trova, scavata nella roccia, la necropoli più grande d'Europa, una specie di alveare di 5000 tombe.