Per lungo tempo attribuita a Eustorgio I vescovo di Milano in epoca paleocristiana, anche questa basilica –come alcune delle quali vi abbiamo già raccontato - venne fondata su un’ area cimiteriale originariamente pagana e successivamente cristianizzata. L’area ebbe grande importanza nella vita religiosa della città meneghina di quel tempo come provano la diffusione del culto dell’ Apostolo Barnaba, che qui, avrebbe battezzato i primi cristiani, e la devozione per le reliquie dei Re Magi, secondo tradizione qui deposte in un sarcofago.
I resti dell’ edificio originale sono ancora ben visibili sotto l’ abside insieme a mura risalenti intorno alla prima metà dell’ anno 1000 segno di successive trasformazioni : la vasta necropoli rivelata dagli scavi si compone di sepolture pagane e cristiane sia di rango elevato che di origini più povere.
Nel 1220 la basilica fu assegnata all'ordine domenicano e 14 anni più tardi venne affidato a S. Eustorgio l'Ufficio dell'Inquisizione della Lombardia a capo del quale fu nominato frate Pietro da Verona che, assassinato nella metà del 1200 fu canonizzato in tempi brevissimi e tumulato nella basilica e le sue spoglie divennero oggetto di venerazione. . Il Tribunale dell'Inquisizione fu trasferito definitivamente nel 1559 presso S. Maria delle Grazie.
Nella seconda metà del 1200 la basilica subì trasformazioni ed ampliamenti che l’ arricchirono di cappelle e nuovi ambienti, le opere di costruzione culminarono nel primo decennio del 1300 quando venne terminato il campanile. A cavallo tra il 1400 e 1500 parecchi benefattori, tra i quali la famiglia milanese dei Visconti, donarono rilevanti somme e commissionarono molteplici opere di abbellimento a favore della basilica mentre sul finire del 1400 Carlo Borromeo la fece diventare sede del primo insediamento cristiano e luogo di sepoltura dei martiri.
Un importante opera di restauro venne effettuata verso il 1600 per porre rimedio ai danni inflitti dagli eserciti francesi e spagnoli che si contesero la città di Milano cinquant’ anni prima. In quel tempo e fino alla metà del 1700, si susseguirono numerose ridecorazioni interne ad opera di noti artisti lombardi.
Nel 1798 la Repubblica Cisalpina decretò la soppressione del convento destinando l’ edificio, come spesso avvenne per molti luoghi di culto, per impieghi a fini militari. Negli ultimi decenni dell’ 800 la basilica subì un importante intervento di restauro che si concentrarono principalmente sulla facciata sostituendo l’ originario rosone centrale con bifore e monofore ed aggiungendo due colonne all’ ingresso poggianti su 2 leoni.
Nel 1911 il complesso venne acquisito dal Comune di Milano e adibito, per lo più, a attività produttive. I bombardamenti dell'agosto 1943 determinarono la distruzione di parte del convento che venne poi ricostruito nel corso del ventennio successivo e ci regala oggi la basilica in tutto il suo splendore. La sua piazza, ogni anno il 6 gennaio, è meta finale del corteo dei Magi che, partendo da Piazza Duomo fa tappa intermedia alla chiesa di San Lorenzo presso le omonime colonne dove alcuni figuranti rappresentano Erode e la sua scorta. La processione è una delle più antiche tradizioni di Milano le cui origini risalgono addirittura al Medio Evo ed i figuranti si possono prenotare per indossare il limitato numero di costumi disponibili partecipando attivamente al corteo che termina appunto in Piazza Sant’ Eustorgio dove i Magi sono attesi dalla Sacra Famiglia alla quale vengono offerti in dono oro, incenso e mirra come nella più magica e Santa delle tradizioni.
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