La Grotta dei Fantasmi è stata scoperta nel 1994 durante una immersione notturna da Marco Busdraghi al tempo in cui gestiva il diving Baia di Conte, il primo diving center del Nord Ovest della Sardegna operativo dal 1995.
Ha fatto così la prima esplorazione e l'ha fatta conoscere attraverso foto e video con varie puntate televisive ed articoli giornalistici, ed accompagnando i primi subacquei. La grotta è una stupenda testimonianza di come la natura possa essere creatrice e distruttrice al tempo stesso erodendo rocce e formazioni calcitiche in forme spettacolari, di tipo dolomitico in ambiente marino.