Rees è considerato tra i più grandi scienziati viventi. Non si dichiara religioso, anche se ammette di andare in chiesa e di sentirsi bene (cfr. The Guardian 7/4/11), e come di frequentare la cappella universitario dell’Università di Cambridge ogni settimana (cfr. Csmonitor.com, 6/4/11). Ritiene di essere «un prodotto della cultura e dell’etica cristiana della Chiesa anglicana in cui sono stato allevato. Sono andato in una scuola, dove tutti andavamo in chiesa. Sono stato molto influenzato da questa cultura e apprezzo grandemente la tradizione estetica e musicale della Chiesa di Inghilterra nella quale sono cresciuto. Sono un sostenitore della Chiesa d’Inghilterra come istituzione: ritengo che siamo particolarmente fortunati perché due suoi arcivescovi, John Sentamu e Rowan Williams, persone con modi di pensare completamente diversi, sono entrambi individui rimarchevoli, che hanno notevolmente risollevato gli standard del dibattito pubblico nel Regno Unito. Quindi, non credo ci sia incompatibilità tra scienza e fede. Ci sono molti cosmologi che sono credenti: solo che io non sono tra loro» (cfr. Radio Vaticana 7/4/11).
Dichiara anche di essere sempre stato attratto dalle grandi domande anche se non pretende di dedurre dalla scienza delle verità generali e assolute sul cosmo e sulla vita. Ha iniziato la sua carriera assieme a Stephen Hawking ed ha spesso criticato la posizione conflittuale di Richard Dawkins e degli altri “atei professionisti” nei dibattiti su scienza e religione. Ha preso le distanze anche da Hawking e dalle sue dichiarazioni sulla non necessità di ipotizzare un Dio creatore: Rees conosce bene Hawking per sapere che «ha letto poco filosofia e meno ancora teologia», e perciò ritiene che le sue opinioni in proposito non debbano essere considerate più di tanto. Personalmente non è disposto a pronunciarsi su questi temi e ritiene avventati gli scienziati che lo fanno (cfr. Il Sussidiario, 8/4/11).
Robert Williams, presidente della International Astronomical Union, ha commentato dicendo che Rees «è una persona insolita in quanto egli tocca costantemente temi spirituali senza affrontare esplicitamente la religione. Non so se sia un teista, per esempio» (cfr. The Huffington Post, 6/4/11).