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Dal settembre 1999 il delta del fiume, all'interno del santuario, è stato invaso da una pianta acquatica, la Salvinia molesta (chiamata anche kariba), originaria del Brasile, che ha messo in pericolo l'intero ecosistema. La pianta infatti si riproduce velocemente coprendo intere superficie di acqua e impedendone l'ossigenazione. Per questa ragione nel 2000 il santuario è stato inserito nella lista dei Patrimoni dell'umanità in pericolo. Dal 2001 sono state avviate tutte le procedure per l'estirpamemto biologico della pianta. Per farlo si usa un batterio, il Cyutobagous salvinae che divora la pianta. La cura sembra aver avuto effetto al punto che nel 2006 il santuario è stato tolto dalla lista dei siti in pericolo.Non era la prima volta che il Santuario di Djoudji si trovava ad essere un "osservato speciale". Lo fu dal 1984 al 1988 a seguito dei progetti di sviluppo agricolo dell'area (furono costruite anche delle dighe che oggi regolano l'afflusso dell'acqua) che minacciavano effetti negativi sul l'ecosistema del sito. Anche in quell'occasione il sito fu inserito nella Lista dei Siti patrimonio dell'Umanità in Pericolo. Dal 1993 al 2009 anche la Convenzione di Ramsar mise il santuario degli uccelli di Djoudji nella Lista di Montreaux (lista delle aree Ramsar a rischio per fattori antropici o di inquinamento) per l'invasione di alcune specie di piante acquatiche infestanti quali la Pistia stratiotes e la Paspalum vaginatum.
Il risultato di tutti questi interventi è che nonostante tutto oggi si può ancora godere di uno dei più bei santuari ornitologici del pianeta.
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