Mentre gli esperti stanno ancora cercando l’origine del ceppo patogeno di Escherichia coli, nei laboratori cinesi del BGI e in quelli di moltissimi altri centri di ricerca sparsi per il mondo continuano incessanti le analisi sul genoma di questo temibile batterio. L’ultimo aggiornamento dell’istituto di genomica cinese riguarda l’identificazione di un ceppo strettamente imparentato con quello di questa epidemia: si tratterebbe di un batterio isolato nel 2001 sempre in Germania. Più ricercatori, in modo del tutto indipendente, sono arrivati a questa conclusione, confrontando i due ceppi tedeschi dal punto di vista genetico. Le analisi effettuate hanno infatti rivelato un’alta similarità in diversi geni, il che fa pensare che questo ceppo particolarmente aggressivo si possa essere evoluto a partire da quello isolato nel 2001. In questi dieci anni, il batterio avrebbe però acquisito nuovi geni di resistenza per diversi antibiotici.
Gli scienziati del BGI hanno realizzato un foglio Excel, liberamente consultabile, che descrive i confronti fatti tra i due ceppi. Nel file è riportato anche un terzo ceppo, isolato in Africa nel 2002, che inizialmente si riteneva essere imparentato con quello odierno; analisi più approfondite hanno però evidenziato differenze sostanziali, non ultima il fatto che il batterio africano non produceva la tossina Shiga.
Se dunque il parente più stretto di questo batterio killer è un Escherichia coli isolato in Germania nel 2001, diventa fondamentale recuperare campioni e dati relativi a quel ceppo per fare confronti più accurati e capire come mai quello di quest’anno sia così aggressivo. Il BGI invita quindi tutti i laboratori del mondo che conservano il ceppo HUSEC041/01-09591 isolato dieci anni fa in Germania a contattare l’istituto cinese a questo indirizzo email: [email protected]. Vista la rapidità con cui nuovi gruppi di ricerca si sono aggiunti al lavoro di analisi grazie a Twitter, sono sicuro che gli scienziati cinesi avranno presto i campioni che cercano. A breve avremo quindi i risultati di questi nuovi confronti, che saranno sicuramente utili per capire come fronteggiare l’epidemia. Ricordo che il genoma del batterio killer è accessibile a questo indirizzo, mentre i nuovi dati prodotti dalla comunità scientifica sono raccolti su Github.
Fonte: New clues found in tracing the origin of the deadly E coli strain and an appeal for the sharing of additional data
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