Software Packages presenti in Ubuntu 10.04 Lucid Lynx Categoria Scienza, parte quarta.

Non solo programmi rilasciata sotto la licenza GPL per Internet, Office, Sicurezza, Grafica, Multimedia oppure il divertimento offre la nuova versione di Ubuntu 10.04 Lucid Lynx, ma anche tantissimi programmi, alcuni noti, come Kalign, Mpqc, Kstars, Montecarlo ed altri un po' meno, ma comunque sempre validissimi dedicati alla scienza.
A continuazione l'elenco completo N-R con la solita recensione individuale e i collegamenti all'Home Page ufficiale, guide, tutorials e recensioni, da Ncbi-epcr a Root-system-xrootd.

ncbi-epcr (2.3.12-1) [universe]

Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites

ncbi-rrna-data (6.1.20090809-1) [universe]

large rRNA BLAST databases distributed with the NCBI toolkit

ncbi-tools-bin (6.1.20090809-1) [universe]

NCBI libraries for biology applications (text-based utilities)

ncbi-tools-x11 (6.1.20090809-1) [universe]

NCBI libraries for biology applications (X-based utilities)

ncview (1.93g-1) [universe]

A X11 visual browser for NetCDF format files

necpp (1.3.0+cvs20090101-1ubuntu2) [universe]

NEC2 Evolution Antenna Modelling System

netcdf-bin (1:3.6.3-1) [universe]

Programs for reading and writing NetCDF files

njplot (2.3-2) [universe]

A phylogenetic tree drawing program

objcryst-fox (1.8.2~r1158-1) [universe]

Free Objects for Xtallography

odin (1.8.1-1) [universe]

develop, simulate and run magnetic resonance sequences

ogdi-bin (3.2.0~beta2-5) [universe]

Open Geographic Datastore Interface Library -- utilities

openbabel (2.2.3-1build1) [universe]

Chemical toolbox utilities

Open CASCADE Technology piattaforma di sviluppo software 3D CAD, CAM, CAE.

Open CASCADE Technology è una piattaforma di sviluppo software 3D CAD, CAM, CAE, ecc., sviluppata e supportata da OPEN CASCADE S.A.S..

Essa è disponibile sotto la "Open CASCADE Technology Public License" che lo sviluppatore qui specifica "LGPL-like with certain differences".

Nonostante questa specificazione, non è incluso nella List of FSF approved software licenses (lista di compatibilità con la licenza LGPL), redatta dagli editori della LGPL, la Free Software Foundation.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.

openjump (1.0-4) [multiverse]

Open Java Unified Mapping Platform JUMP

openmx (3.2.4.dfsg-3build1) [universe]

Package for nano-scale material simulations

openturns-examples (0.13.1-1ubuntu1) [universe]

examples of OpenTURNS functionalities

openturns-validation (0.13.1-1ubuntu1) [universe]

validation files for OpenTURNS

openturns-wrapper (0.13.1-1ubuntu1) [universe]

example of a wrapper for OpenTURNS

Open Universe è un programma che vi permette di viaggiare nell'universo e di esplorare i pianeti e le stelle.

Open Universe è un programma che vi permette di viaggiare nell'universo e di esplorare i pianeti e le stelle.
Se vi è capitato di sognare di compiere un viaggio spaziale ed esplorare le stelle splendenti e i pianeti, allora amerete questo programma.
E' un software con caratteristiche simili a Celestia. Entrambi son programmi di tipo real time, cioè vedrete tutti i pianeti e tutte le stelle muoversi sulle loro orbite in tempo reale.
Ci sono vari modi per navigare nello spazio. Potete cliccare sul tasto invio e quindi inserire il nome del pianeta o della stella o della costellazione.
Quindi scegliere la velocità del viaggio (esempio F2, F3) e cliccando sul tasto g. Pronti? Via!
Oppure si può iniziare il viaggio cliccando e trascinando col mouse, quindi selezionare un oggetto con un clic del pulsante sinistro. Se il nome dell'oggetto appare nell'angolo in alto a sinistra della finestra del programma allora vuol dire che è selezionato.
Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.

opj2dat (20080225-2) [universe]

OriginLab Origin project files to data files converter

origami (0.7.3-0ubuntu1) [universe]

command-line management tool for Folding @ Home clients

ossim-core (1.7.21-1) [universe]

The OSSIM core utilities

paje.app (1.97+cvs20080110-2build2) [universe]

generic visualization tool (Gantt chart and more)

paraview (3.4.0-4ubuntu6) [universe]

Parallel Visualization Application

paw (1:2.14.04.dfsg.2-7) [universe]

Physics Analysis Workstation - a graphical analysis program

paw++ (1:2.14.04.dfsg.2-7) [universe]

Physics Analysis Workstation (Lesstif-enhanced version)

paw-common (1:2.14.04.dfsg.2-7) [universe]

Physics Analysis Workstation (common files)

paw-demos (1:2.14.04.dfsg.2-7) [universe]

Physics Analysis Workstation examples and tests

perl-ifeffit (2:1.2.11d-1ubuntu1) [multiverse]

Perl extensions for IFEFFIT

perlprimer (1.1.18-1) [universe]

Graphical design of primers for PCR

perlprimer-doc (1.1.18-1) [universe]

Tutorial to perlprimer

php5-gpib (3.2.11-0.2ubuntu4) [universe]

libgpib PHP5 bindings

phylip (1:3.68-2) [multiverse]

[Biology] A package of programs for inferring phylogenies

phylip-doc (1:3.68-2) [multiverse]

[Biology] A package of programs for inferring phylogenies

phyml (1:200900706-2) [universe]

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

picosat (913-1) [universe]

SAT solver with proof and core support

planets (0.1.13-10) [universe]

Gravitation simulation of planetary bodies

plink (1.06-3) [universe]

whole-genome association analysis toolset

poa (2.0+20060928-2) [universe]

Partial Order Alignment for multiple sequence alignment

praat (5.1.25-1) [universe]

program for speech analysis and synthesis

primer3 (1.1.4-1) [universe]

Tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification

probcons (1.12-4) [universe]

PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

probcons-extra (1.12-4) [universe]

Extra programs from the probcons package

proda (1.0-7) [universe]

multiple alignment of protein sequences

proj (4.7.0-1) [universe]

Cartographic projection filter and library (transitional package)

proj-bin (4.7.0-1) [universe]

Cartographic projection library (tools)

psi3 (3.4.0-2) [universe]

Quantum Chemical Program Suite

psychopy (1.51.00.dfsg-1) [universe]

environment for creating psychology stimuli in Python

pymol (1.2r1-3) [universe]

Molecular Graphics System

python-ifeffit (2:1.2.11d-1ubuntu1) [multiverse]

Python GUI interface and extensions for IFEFFIT

python-necpp (1.3.0+cvs20090101-1ubuntu2) [universe]

Python module for using NEC2++

python-nifti (0.20090303.1-1) [universe]

Python interface to the NIfTI I/O libraries

python-pyepl (1.1.0-1) [universe]

module for coding psychology experiments in Python

python-pyepl-common (1.1.0-1) [universe]

module for coding psychology experiments in Python

python-pyode (1.2.0-4+cvs20090320) [universe]

Python bindings for The Open Dynamics Engine

qfits-tools (6.2.0-2) [universe]

FITS manipulation tools

qmc (0.94-3build1) [universe]

Quine McClusky Simplification Tool

qsearch-tools (1.0.8-3) [universe]

qsearch machine-learning command-line utilities

qtdmm (0.8.12-2.1ubuntu1) [universe]

GUI for digital multimeter

r-cran-colorspace (1.0.1-1) [universe]

GNU R Color Space Manipulation

r-cran-epibasix (1.1-1) [universe]

GNU R Elementary Epidemiological Functions

r-cran-genetics (1.3.4-1) [universe]

GNU R package for population genetics

r-cran-haplo.stats (1.4.4-1) [universe]

GNU R package for haplotype analysis

r-cran-maptools (0.7.26-1) [multiverse]

GNU R Tools for reading and handling spatial objects

r-cran-msm (0.9.5-1) [universe]

GNU R Multi-state Markov and hidden Markov models in continuous time

r-cran-qvalue (1.20.0-1) [universe]

GNU R package for Q-value estimation for FDR control

r-cran-randomforest (4.5-33-1) [universe]

GNU R package implementing the random forest classificator

r-cran-sp (1:0.9-56-2) [universe]

GNU R classes and methods for spatial data

r-cran-spc (0.21-1) [universe]

GNU R Statistical Process Control

r-cran-surveillance (1.1.2-1) [multiverse]

development and the evaluation of epidemiological outbreak detection algorithms

r-cran-vcd (1.2.7-1) [universe]

GNU R Visualizing Categorical Data

r-cran-xtable (1.5.5-1) [universe]

GNU R coerce data to LaTeX and HTML tables

r-other-bio3d (1.0-6-1) [universe]

GNU R package for biological structure analysis

rasmol (2.7.5-1) [universe]

Visualize biological macromolecules

rasmol-doc (2.7.5-1) [universe]

Documentation for rasmol

Raster3D è un insieme di strumenti per la generazione di immagini raster di alta qualità di proteine o altre molecole.

Raster 3D è un insieme di strumenti per la generazione di immagini raster di alta qualità di proteine o altre molecole.

Le sfere principali del programma lo rendono particolarmente adatto per la generazione d'immagini triangolari, cilindriche quadriche con evidenziazione speculare, Phong shading, e shadowing.

Esso utilizza un efficiente algoritmo software Z-buffer, che è indipendente da qualsiasi hardware grafico. Ha anche programmi accessori per calcolare il processo atomico, coordinate dai file PDB in rendering, descrizioni per le immagini, composto di nastri, space-filling atomi, ecc.

Raster3D può essere utilizzato anche per rendere le immagini composte in altri programmi come Molscript in 3D con riflessi , ombre, ecc uscita è quella di pixel file immagine con 24 bit di informazioni di colore per pixel.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina

readseq (1-8) [universe]

[Biology] Conversion between sequence formats

rnahybrid (2.1-2) [universe]

Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes

robot-player (2.0.4-3.3ubuntu5) [universe]

Networked server for robots and sensors

robot-player-dev (2.0.4-3.3ubuntu5) [universe]

Networked server for robots and sensors - development package

robot-player-doc (2.0.4-3.3ubuntu5) [universe]

Networked server for robots and sensors (documentation)

rocs (4:4.4.2-0ubuntu2)

graph theory tool for KDE 4

root-plugin-asimage (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

AfterImage plugin for ROOT

root-plugin-fftw3 (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

FFTw plugin for ROOT

root-plugin-fumili (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

Fumili plugin for ROOT

root-plugin-gl (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

GL plugin for ROOT

root-plugin-hbook (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

Hbook plugin for ROOT

root-plugin-krb5 (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

Kerberos (version 5) plugin for ROOT

root-plugin-minuit2 (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

Minuit version 2 plugin for ROOT

root-plugin-mysql (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

MySQL client plugin for ROOT

root-plugin-netx (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

NetX plugin for ROOT

root-plugin-odbc (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

ODBC plugin for ROOT

root-plugin-peac (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

PEAC plugin for ROOT - run-time libraries

root-plugin-pgsql (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

PostgreSQL client plugin for ROOT

root-plugin-proof (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

PROOF plugin for ROOT

root-plugin-qt (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

Qt plugin for ROOT

root-plugin-sql (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

SQL plugin for ROOT

root-plugin-xml (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

XML reader plugin for ROOT

root-plugin-xproof (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

XPROOF plugin for ROOT

root-system (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

Meta package to install all ROOT packages

root-system-bin (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

Numerical data analysis framework - general applications

root-system-common (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

Common files for ROOT

root-system-proofd (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

Parallel ROOt Facility - distributed, parallel computing

root-system-rootd (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

ROOT remote file server

root-system-xrootd (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]

Extented ROOT file server