Steven Salzberg, il paladino della genetica open source

Nel 2005, uno studio rivelò che 4382 geni umani (circa il 20% del totale) erano coperti da brevetti. Se un medico avesse voluto eseguire un esame diagnostico per cercare mutazioni dannose in uno specifico gene, avrebbe dovuto acquistare l’apposita licenza dall’azienda che deteneva i diritti. Una pratica discutibile, dal momento che il nostro genoma appartiene per definizione alla specie umana nel suo complesso. Sembra però che le cose stiano cambiando.

Lo sa bene la Myriad Genetics che nel Marzo di quest’anno si è vista annullare da una corte federale americana sette dei suoi brevetti su due geni (BRCA1 e BRCA2) associati al cancro al seno e alle ovaie. L’azienda di Salt Lake City non è rimasta a guardare: detiene ancora altri 16 brevetti relativi relativi a questi due geni, e sta facendo ricorso contro la prima sentenza.

Per la Myriad, però, i problemi non sono ancora finiti, anzi, forse sono appena iniziati. Pochi giorni fa, il professor Steven Salzberg dell’Università del Maryland ha infatti messo in rete un software open source che entrerebbe in diretta competizione con il test commerciale sviluppato dall’azienda. Il programma, presentato sulla rivista Genome Biology e scaricabile liberamente da internet, è stato scritto in Perl ed è in grado di riconoscere 68 mutazioni dannose nei geni BRCA1 e BRCA2 in poche ore di calcolo. L’unico dato richiesto in ingresso sono le sequenze grezze generate dal sequenziamento di un genoma umano, senza che sia neppure necessario assemblarle. Oggi sequenziare un genoma costa poco meno di 20mila dollari, ma il prezzo è destinato a scendere rapidamente e presto sarà alla portata di tutti: sicuramente arriveremo a un punto in cui sarà più conveniente sequenziare completamente il nostro genoma per analizzarlo col software di Salzberg, che non pagare i 3000 dollari richiesti dalla Myriad Genetics per testare soltanto i geni BRCA.

Il software di Salzberg è veloce e soprattutto estremamente flessibile. Qualsiasi programmatore potrebbe integrare nel codice altri geni oltre ai due attualmente implementati, e utilizzarlo quindi per testare moltissime mutazioni diverse associate a più patologie. Nell’articolo si legge che l’algoritmo, messo alla prova su tre genomi appartenenti a un Africano, un Asiatico e una donna di etnia Caucasica, ha eseguito gli allineamenti necessari in un massimo di 8 ore, utilizzando un unico processore da 2.4 GHz, ed è stata individuata una sola mutazione, in eterozigosi, sulla donna Caucasica. Si trattava semplicemente di una prova, che però dimostra la fattibilità delle analisi genetiche fai-da-te. Il professor Salzberg ha dichiarato a Nature che nel giro di 10 anni ognuno avrà il proprio genoma memorizzato su una chiavetta USB, e quando questo accadrà esisteranno dei software open source che consentiranno di analizzare il DNA alla ricerca di centinaia di mutazioni diverse. L’analisi potrà essere eseguita sul computer di casa, e ripetuta ogni volta che verrà fatta una nuova scoperta scientifica. Con buona pace della Myriad Genetics e dei suoi brevetti.

Salzberg SL et al. “Do-it-yourself genetic testing” Genome Biology 2010, 11:404