Batterio killer, continuano le analisi: potrebbe essere resistente a 8 antibiotici

Si continua a lavorare senza sosta nei laboratori dell’istituto di genomica BGI di Shenzen. I bioinformatici cinesi hanno reso disponibile una nuova versione del genoma del ceppo di Escherichia coli patogeno che sta colpendo l’Europa e in particolare il Nord della Germania. Come di consuetudine, il genoma è stato sequenziato in piccoli pezzi che poi sono stati assemblati. Inizialmente è stato fatto un assemblaggio de novo, utilizzando cioè soltanto le sequenze del batterio killer; poi, è stato rifinito impiegando anche sequenze genomiche di altri ceppi, in modo da facilitare la ricostruzione della sequenza completa.

Grazie a Twitter, decine di ricercatori in tutto il mondo hanno utilizzato i dati prodotti dall’istituto cinese, rianalizzandoli e proponendo assemblaggi diversi che possono essere visualizzati e confrontati seguendo questo link. Nel frattempo, al BGI hanno proseguito le analisi scoprendo che il ceppo in questione porterebbe dei geni di resistenza a cinque tipi di antibiotici, oltre ai tre già identificati inizialmente. E’ bene comunque ricordare che si tratta ancora di dati preliminari.

Secondo il blog Mike The Mad Biologist, questo ceppo non sarebbe completamente nuovo come annunciato in precedenza: analisi comparative avrebbe rivelato una notevole somiglianza con un ceppo europeo del 2001. Intanto, le analisi proseguono. Per gli aggiornamenti, l’account Twitter di riferimento è sempre quello ufficiale del BGI: @BGI_Events.

Fonte: Further analysis on improved genome assembly indicates the outbreak E. Coli has complex genetics with resistance to at least 8 antibiotics