Quando questa mattina ho letto dell‘app del RCSB Protein Data Bank, lo ammetto, mi sono un po’ emozionato. Roba da nerd, dirai tu. Però, immagina: portare con te, nel tuo smart phone o tablet, l’intero database di tutte le proteine di cui si conosce la struttura; in ogni momento poter osservare la struttura 3D della tua proteina preferita, o seguire tutti gli update delle ultime proteine cristallizzate… Ok, ok, hai ragione, forse è roba da nerd.
Cos’è il Protein Data Bank
Chi lavora con macromolecole biologiche conosce bene il Protein Data Bank. E’ un archivio online dove chimici e biochimici di tutto il mondo depositano le strutture di proteine, frammenti di DNA e RNA ottenute principalmente con tecniche cristallografiche (x-Ray) o di risonanza magnetica nucleare (NMR).
Nata nel 1971, la Protein Data Bank è diventata l’archivio di riferimento per tutti i ricercatori che ogni giorno lavorano con strutture macromolecolari. Ad oggi, l’archivio contiene più 70.000 strutture, accessibili online e gratuitamente. Le strutture vengono depositate in file chiamati PDB che contengono le coordinate xyz, fondamentali per la visualizzazione 3D.
Ho provato l’app con le mie proteine
Ho scoperto l’app del Protein Data Bank solo oggi. L’ho scaricata, è gratuita, e l’ho provata sulle mie proteine. L’app, veloce e potente, ha diverse funzionalità:
. Molecular Viewer: permette la visualizzazione della macromolecola direttamente sul device – l’immagine del post è ottenuta con l’app. La struttura 3D è intuitivamente navigabile e sono possibili diversi tipi di visualizzazione;
. Ricerca nel PDB database: la ricerca nell’archivio è veloce e può essere effettuata per nome (dell’autore che ha depositato la struttura), per famiglie di macromolecole, per codice della strutture (PDB ID);
. Molecola del mese: permette l’accesso immediato alla “molecola del mese” proposta dal Protein Data Bank. Questo mese troverai informazioni dettagliate sulla struttura e il meccanismo delle macromolecole coinvolte nel Citric Acid Cycle;
. Latest Structures e RCSB PDB News: con un click, si accede alle ultime strutture depositate nell’archivio e alle news selezionate dal team del Protein Data Bank;
. MyPDB: è possibile, e non potrebbe essere altrimenti in piena era social, la sincronizzazione con il profilo personale sul sito del Protein Data Bank, in modo da rendere “mobili” le informazioni che l’utente ritiene più utili.
Cambia il modo di fare Scienza
Social media, digitale e portabilità hanno invaso anche il campo delle scienze. Gli studenti di dottorato (ne dovrò parlare più in dettaglio) vengono sempre più spesso incoraggiati a condividere i risultati della propria ricerca in blog personali o collettivi; sempre più editori scientifici abbracciano la rivoluzione digitale, penso alle iniziative della Springer, per esempio; i social network scientifici, Research Gate forse il più efficace, acquistano sempre più rilevanza e credibilità.
Questo che hai appena letto è un blog post scritto con entusiasmo. Lo stesso che ho visto negli occhi del Professore a capo del mio gruppo di ricerca qui a Berlino quando gli ho mostrato l’applicazione del Protein Data Bank. Lui, professore di fisica tedesco, a pochi mesi dalla pensione, guarda lo schermo del mio iPad dove è visualizzata la struttura di una Emoglobina. Passa le dita sullo schermo, gioca con la proteina, osserva e poi dice: siamo entrati in una nuova era.
L’immagine del post è una rappresentazione di una delle proteine, una Glutathione-S-Transferase, in cui abbiamo per la prima volta osservato la possibile presenza di nuove interazioni tra anioni e residui aromatici che prendono il nome di Anion-pi interactions.
Pacman
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Magical Cat Adventure
Snake